ตัวอย่างการใช้งาน mono + Rdotnet บนระบบ Rocks cluster ครับ เวอร์ชั่น Rocks cluster ที่ผมใช้คือ 6.2 ครับ การติดตั้งก็แบบเดิมๆเลยตามที่อธิบายในเอกสารบนเวบของ Rocks เลย ไม่มีอะไรพิเศษ จากนั้นก็ผมก็ yum ติดตั้ง mono จาก https://copr.fedorainfracloud.org/coprs/tpokorra/mono-opt/ โดยในเวอร์ชั่นนี้ mono จะถูกติดตั้งไว้ที่ /opt/mono และก็ yum ติดตั้ง R ซึ่ง R จะถูกติดตั้งไว้ที่ /usr/lib64/R ของ head node ครับ หลังจากที่ติดตั้ง mono และ R เรียบร้อยแล้วก็เอา code ของ C# ที่เขียนสำหรับเรียกใช้งาน rdotnet บวกกับก็อปปี้ไฟล์แอสเซมบลีของ Rdotnet ต่างๆมาไว้ใน folder ที่ต้องการก่อนทำการคอมไพล์ครับ […]
Like this:
Like Loading...
PsN บอกว่าต้องการโมดูล perl Archive::Zip แต่ปรากฏว่า พอลง perl-Archive-Zip หรือ perl-Archive-Any แล้วมันก็ยังมีปัญหา ตัวโมดูลที่ถูกต้องสำหรับลงบน Rocks (CentOs 6.6) คือ perl-Compress-Raw-Zlip
Like this:
Like Loading...
To shutdown all the compute nodes: cluster-fork “shutdown -h now” or rocks run host “shutdown -h now” To shutdown frontend: shutdown -h now To reboot after shutdown rocks run host compute “/sbin/shutdown -r now” reinstall nodes, how? On a particular node (not on frontend) /boot/kickstart/cluster-kickstart-pxe On the frontend rocks set host boot action=install compute-0-0 […]
Like this:
Like Loading...
## Rocks 6.0 #!/bin/bash #$ -N TestRmpi #$ -pe mpi 16 #$ -cwd #$ -j y #$ -S /bin/bash # echo “Program start at: `/bin/date`.” echo “Got $NSLOTS slots.” /opt/openmpi/bin/mpirun -np 1 /usr/bin/R –slave CMD BATCH rmpitest.R echo “Program finish at: `/bin/date`.” ———————– ### rmpitest.R # Load the R MPI package if it is not […]
Like this:
Like Loading...
พอดีมีโอกาสได้ติดตั้งและทดลองใช้งาน Mathematica บนระบบ Cluster ของหน่วยงานหนึ่ง ก็เลยจะมาเล่าให้ฟังครับ ระบบ Cluster ที่พูดถึงนี้ใช้ระบบ Rocks Clusters (www.rocksclusters.org) ซึ่งก็คือ Linux ที่มีการเพิ่มความสามารถการจัดการ Cluster เข้าไป งานที่ระบบ Cluster นี้ถูกใช้จะเป็นงานคำนวณด้วย software หลักๆอย่าง Gromacs, NAMD, NONMEM, R และก็ที่หน่วยงานนี้เขียนขึ้นกันเองโดยใช้ mpi บ้าง license ของ Mathematica ที่ได้มานี้เป็นแบบ network ครับ นั่นหมายความว่าเราต้องทำการติดตั้ง Mathematica License Manager หรือ mathlm ก่อน ซึ่งผมก็ได้ลง mathlm ไว้บน server อีกตัวซึ่งเป็นระบบ Windows server 2008 ที่หน่วยงานนี้เค้าใช้เป็น license server สำหรับโปรแกรมตัวอื่นๆด้วย ในการลงก็ไม่ได้ยุ่งยากอะไรครับเพียงแต่ตอบคำถามไปเรื่อยๆ […]
Like this:
Like Loading...