ตัวอย่างการใช้งาน mono + Rdotnet บนระบบ Rocks cluster ครับ
เวอร์ชั่น Rocks cluster ที่ผมใช้คือ 6.2 ครับ การติดตั้งก็แบบเดิมๆเลยตามที่อธิบายในเอกสารบนเวบของ Rocks เลย ไม่มีอะไรพิเศษ จากนั้นก็ผมก็ yum ติดตั้ง mono จาก https://copr.fedorainfracloud.org/coprs/tpokorra/mono-opt/ โดยในเวอร์ชั่นนี้ mono จะถูกติดตั้งไว้ที่ /opt/mono และก็ yum ติดตั้ง R ซึ่ง R จะถูกติดตั้งไว้ที่ /usr/lib64/R ของ head node ครับ
หลังจากที่ติดตั้ง mono และ R เรียบร้อยแล้วก็เอา code ของ C# ที่เขียนสำหรับเรียกใช้งาน rdotnet บวกกับก็อปปี้ไฟล์แอสเซมบลีของ Rdotnet ต่างๆมาไว้ใน folder ที่ต้องการก่อนทำการคอมไพล์ครับ โดยไฟล์ต่างๆของ Rdotnet ก็มีอย่างเช่น DynamicInterop.dll, RDotNet.dll, RDotNet.NativeLibrary.dll
ก่อนคอมไพล์หรือเรียกใช้งาน mono เราก็ต้องโหลดenviroment ต่างๆของ mono ก่อน โดยการพิมพ์
$ . /opt/mono/env.sh
ซึ่งมันก็คือเซ็ตpath ต่างๆของตัวแปรอย่าง LD_LIBRARY_PATH กับ PKG_CONFIG_PATH ครับ
export PATH=/opt/mono/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/mono/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PKG_CONFIG_PATH=/opt/mono/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
จากนั้นก็ export ค่า R_HOME ไปยัง path ของ R ที่ติดตั้งแล้ว
$ export R_HOME = “/usr/lib64/R”
อันนี้เป็นตัวอย่าง code ที่ผมก็อปปี้มาจากเวบของ RDotnet ครับ สำหรับเรียก R มาเพื่อทำ t-test ของเลข 2 ชุดครับ
#testRDotNet.cs
using System;
using System.Linq;
using RDotNet;
namespace Sample1
{
class Program
{
static void Main(string[] args)
{
REngine.SetEnvironmentVariables();
REngine engine = REngine.GetInstance();
// REngine requires explicit initialization.
// You can set some parameters.
engine.Initialize();
// .NET Framework array to R vector.
NumericVector group1 = engine.CreateNumericVector(new double[] { 30.02, 29.99, 30.11, 29.97, 30.01, 29.99 });
engine.SetSymbol("group1", group1);
// Direct parsing from R script.
NumericVector group2 = engine.Evaluate("group2 <- c(29.89, 29.93, 29.72, 29.98, 30.02, 29.98)").AsNumeric();
// Test difference of mean and get the P-value.
GenericVector testResult = engine.Evaluate("t.test(group1, group2)").AsList();
double p = testResult["p.value"].AsNumeric().First();
Console.WriteLine("Group1: [{0}]", string.Join(", ", group1));
Console.WriteLine("Group2: [{0}]", string.Join(", ", group2));
Console.WriteLine("P-value = {0:0.000}", p);
// you should always dispose of the REngine properly.
// After disposing of the engine, you cannot reinitialize nor reuse it
engine.Dispose();
}
}
}
เวลาคอมไพล์ก็เพียงพิมพ์
$ mcs /reference:RDotNet.dll /reference:RDotNet.NativeLibrary.dll /reference:DynamicInterop.dll testRDotNet.cs
ซึ่งคำสั่ง mcs นี้จะแปลงไฟล์ .cs ของเราให้เป็น binary ไฟล์ที่คอมพิวเตอร์จะเข้าใจได้ 🙂 ครับ ซึ่งในที่นี้มันจะสร้างไฟล์ชื่อ testRDotNet.exe ให้ครับ ส่วนoption ของคำสั่ง /reference เป็นการบอกว่าเราเรียกใช้ namespace จากไฟล์แอสเซมบลี่อะไรบ้าง
วิธีการรันไฟล์ exe ที่ได้จาก mcs ก็เพียงพิมพ์ mono แล้วตามด้วยไฟล์ exe ครับ เช่น
$ mono testRDotNet.exe
Welch Two Sample t-test data: group1 and group2 t = 1.959, df = 7.0306, p-value = 0.09077 alternative hypothesis: true difference in means is not equal to 0 95 percent confidence interval: -0.01956909 0.20956909 sample estimates: mean of x mean of y 30.015 29.920 Group1: [30.02, 29.99, 30.11, 29.97, 30.01, 29.99] Group2: [29.89, 29.93, 29.72, 29.98, 30.02, 29.98] P-value = 0.091
