Tag: R

Merry Christmas and a Happy New Year!!

library(rgl)
open3d()
bg3d("black")
t <- seq(0,8*pi, by = 0.01);
x <- c(t*cos(t),t*cos(t+0.5*pi),t*cos(t+pi),t*cos(t+1.5*pi))
y <- c(t*sin(t),t*sin(t+0.5*pi),t*sin(t+pi),t*sin(t+1.5*pi))
z <- -c(t,t,t)
plot3d(x, y, z, col = rainbow(1000),box=FALSE,axes=FALSE,xlab="",ylab="",zlab="")
text3d(1,8, text = "Merry Christmas and", adj = 0.5, color = "green")
text3d(1,4, text = "a Happy New Year!", adj = 0.5, color = "green")
points3d(runif(100,min=-25,max = 25),runif(100,min=-25,max = 25),-runif(100,max = 25),color="white")

Kung package แพ็คเกจกุ้ง

แพ็คเกจกุ้งเป็นแพ็คเกจภาษา R ที่ผมเขียนขึ้นมาสำหรับใช้สร้าง Shiny App สำหรับโค้ดของโมเดลที่สร้างจากสมการอนุพันธ์หรือ ODE ที่ใช้ตัว solver จากแพ็คเกจที่ชื่อ deSolve ครับ

ไอเดียก็มีเพียงว่าจากสมการ ode ที่สร้างขึ้นมาด้วยถ้าตัวแปรในสมการมีการเปลี่ยนแปลงค่า ผลลัพท์ที่ออกมามันจะเปลี่ยนแปลงไปอย่างไร การเขียนใน R นั้นเราก็อาจจะใช้คำสั่ง manipulate มาช่วยได้แต่มันก็ยังมีข้อจำกัดเรื่องจำนวนของตัวแปรที่สามารถเรียกมาใช้ได้ เพราะมันขึ้นอยู่กับขนาดหน้าจอของตัว plot ผมเลยคิดว่าถ้าใช้ shiny มันน่าจะดูดีกว่าและสามารถใส่ตัวแปรได้มากกว่า ขึ้นกับการออกแบบ ui แต่การเขียน shiny ก็ไม่ใช่ว่าจะง่ายสำหรับคนเริ่มเรียนรู้ R ผมเลยคิดว่าน่าจะเขียนแพ็คเกจที่สามารถช่วยเรื่องนี้ได้

แพ็คเกจที่เขียนก็พยายามทำให้มันใช้ง่ายมากที่สุดจาก code ที่มีอยู่แล้ว โดยผู้ใช้เพิ่มคำสั่งไม่มากก็สามารถที่จะสร้าง shiny application ได้แล้ว ตัวอย่างเช่น ถ้าผู้ใช้มี code อยู่แล้วตามนี้ ซึ่งมันจะคำนวณและ plot กราฟให้ตามค่าของตัวแปรพารามิเตอร์ที่กำหนดไว้ เช่น gamma = 0.14286 และ beta = 0.6

library(deSolve)

init <- c(S = 1-1e-6, I = 1e-6, R= 0.0)
times <- seq(0, 70, by = 1)

sir <-function(time, state, parameters) {
  with(as.list(c(state, parameters)), {
    dS <- -beta*S*I
    dI <- beta*S*I - gamma*I
    dR <- gamma*I
    
    return(list(c(dS, dI, dR)))
  })
}

parameters <- c(
  gamma = 0.14286, 
  beta = 0.6
)

out <- as.data.frame(ode(y = init, times = times, func = sir, parms = parameters))

matplot(times, out[,c("S","I","R")], type = "l", xlab = "Time", ylab = "Susceptibles and Recovereds", main = "SIR Model", lwd = 1, lty = 1, bty = "l", col = 2:4)
legend(40, 0.7, c("Susceptibles", "Infecteds", "Recovereds"), pch = 1, col = 2:4)

ถ้าผู้ใช้ต้องการดูว่ากราฟจะเปลี่ยนแปลงอย่างไรถ้าตัวแปร gamma หรือ beta มีการเปลี่ยน ก็เพียงเพิ่ม code ลงไปในส่วนต่างๆ ตามนี้

!Start

library(deSolve)

init <- c(S = 1-1e-6, I = 1e-6, R= 0.0)
times <- seq(0, 70, by = 1)

sir <-function(time, state, parameters) {
  with(as.list(c(state, parameters)), {
    dS <- -beta*S*I
    dI <- beta*S*I - gamma*I
    dR <- gamma*I

    return(list(c(dS, dI, dR)))
  })
}

!Parameters
parameters <- c(
  gamma = 0.14286,
  beta = 0.6
)

!ODECMD
out <- as.data.frame(ode(y = init, times = times, func = sir, parms = parameters))

!PostProcess

!Plots
matplot(times, out[,c("S","I","R")], type = "l", xlab = "Time", ylab = "Susceptibles and Recovereds", main = "SIR Model", lwd = 1, lty = 1, bty = "l", col = 2:4)
legend(40, 0.7, c("Susceptibles", "Infecteds", "Recovereds"), pch = 1, col = 2:4)

!Controls
sliderInput("beta","beta", min = 0,max = 10,step = 0.001,value = 1.4),
sliderInput("gamma","gamma", min = 0,max = 1,step = 0.001,value = 0.14)

!End

จะเห็นว่ามี keywords ที่เพิ่มเข้าไปดังนี้

!Start – เป็นตัวบอกเริ่มต้น เราสามารถบอกรายละเอียดของตัวแปรอย่าง เวลา และค่าเริ่มต้นของ state หรือ compartment ต่างๆและ function ของระบบสมการหลักที่จะแก้ด้วย deSolve::ode ใน keywords นี้ได้เลยครับ

!Parameters – เป็นตัวแปร parameters ของโมเดล ode ครับ ซึ่งต้องกำหนดเป็น vector ตามตัวอย่างนี้เลยครับ

!ODECMD – สำหรับคำสั่งที่ต้องใช้คำสั่ง ode จาก deSolve ครับ สำหรับตอนนี้ต้องให้ตัวแปร output ชื่อ out นะครับ

!PostProcess – ถ้ามีการคำนวณค่าอะไรบางอย่างจาก out ก็ให้ใส่ใน keyword นี้ได้เลยครับ

!Controls – สำหรับใส่ sliders ของตัวแปรที่สนใจครับ

!End – สำหรับบอกว่าจบแล้ว 🙂

โดยหลังจากที่ใส่ keywords และsave เป็นไฟล์ใหม่แล้ว เช่นชื่อ mysystem.R เราสามารถสร้าง shiny app ได้ด้วยการรันคำสั่งนี้ครับ

runSystem(‘mysystem.R’)

ผลที่ได้ก็จะประมาณนี้ครับ

ถ้าสนใจอยากใช้งานก็ทำการติดตั้งได้โดยพิมพ์

devtools::install_github('slphyx/Kung')

ดูเพิ่มเติมที่ https://github.com/slphyx/Kung

ปัญหา Path ของ Rtools

rtools มันจำเป็นสำหรับ r package ที่มี code จากภาษาอื่น อย่าง c/c++ หรือ fortran ในที่จะต้องมีการ compile ระหว่างการติดตั้ง โดยปกติแล้วมัน จะถูกลงไว้ที่ 

PATH="C:\Rtools\bin;${PATH}"

ถ้าลงไว้ที่อื่นและต้องการเรียกใช้ใน R ตัวแปรชื่อ BINPREF จะเป็นตัวแปรที่ R จะเรียกหา path ของ rtools ฉะนั้นถ้าจะเรียกใช้ rtools ที่ลงไว้ที่อื่นก็ต้องเซ็ต path ให้กับตัวแปรนี้ เช่น

BINPREF="X:/R/Rtools-3.5/mingw_$(WIN)/bin/"

** สังเกตว่า BINPREF ใช้ forward slash นะครับ

maemod package

จากที่เคยเขียนไว้เกี่ยวกับ r package อันหนึ่งที่ผมเขียนชื่อ maemod สำหรับช่วยให้คนที่สนใจอยากคำนวณพวก ode ได้ง่ายขึ้น (ดูข้างล่าง)

maemod (แม่มด)

มีคนสนใจว่าถ้าพวกตัวแปร state ต่างๆนั้นเป็นแบบ array จะทำอย่างไร ผมเลยเขียนตัวอย่างพร้อมกับเพิ่มความสามารถด้านarrayนี้เข้าไป พอใช้ได้ไปคร่าวๆก่อน ดูตัวอย่างข้างล่างนี้ครับ

# Example from Berkeley Madonna
 # for using Array
 # METHOD RK4
 #
 # STARTTIME = 0
 # STOPTIME = 20
 # DT = 0.02
 #
 # d/dt (A[1]) = -k[1]*A[1]
 # d/dt (A[2..n-1]) = k[i-1]*A[i-1]-k[i]*A[i]
 # d/dt (A[n]) = k[n-1]*A[n-1]
 #
 # init A[1] = 100
 # init A[2..n]=0
 #
 # k[1..n] =1
 # n = 14
 #
 #

arrayEx <-'
 !ExtraFunctions
 n<-14

!Equations
 dA <-rep(0,n)
 dA[1] <- -k[1]*A[1]
 #ArrayB
 "dA[i.indx] <- k[i.indx-1] *
 A[i.indx-1]-k[i.indx]*A[i.indx]"%@@%list("i.indx"%=>%2:(n-1))
 #ArrayE
 dA[n] <- k[n-1]*A[n-1]

!Parameters
 1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1

!Inits
 100,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0

!Outputs
 c(dA)

!Plots

!MAEMOD_End
 '
 out<-maemod.ode(input.text = arrayEx ,timegrid = seq(0,20,0.02),sys.template = Maemod_Array)
 plot(out[,c(1,2)],type = 'l')
 cols<-rainbow(14)
 for(i in 3:n) lines(out[,c(1,i)],col=cols[i])

ในเบื้องต้นนี้ ตัวstate กับ parameter จะต้องเป็น A กับ k เท่านั้น จากตัวอย่างเราสามารถที่จะdefine ตัวแปรที่ index ต่างได้ เช่น ต้องการ

d/dt (A[2..n-1]) = k[i-1]*A[i-1]-k[i]*A[i]

โดยที่ i มีค่าตั้งแต่ 2 ถึง  n

เราก็สามารถพิมพ์ตามนี้ได้

#ArrayB

"dA[i] <- k[i-1]*A[i-1]-k[i]*A[i] "%@@%list('i'%=>%2:n)

#ArrayE

เจ้าเครื่องหมาย %@@% เป็นตัวบอกว่าเราจะใช้ array กับ สมการด้านซ้ายมือของเคื่องหมายและindexจะอยู่ด้านขวาของเครื่องหมาย ซึ่งจะต้องเป็นตัวแปรแบบ list

ส่วนเครื่องหมาย %=>% บอกว่าสัญลักษณ์หรือรูปแแบบindexด้านขวาจะมีค่าเปลี่ยนไปตาม vector ด้านซ้าย เช่น ‘i’%=>%2:n จะหมายถึง i มีค่าตั้งแต่ 2 ถึง n

ส่วน #ArrayB และ #ArrayE เป็น block ที่บอกว่ามีการใช้ ตัวแปรแบบ array ในข้อความที่อยู่ใน block นี้ครับ

codeที่มีarray blockนี้เวลาเอาไปใช้กับ maemod.ode จะต้องใช้กับtemplate เฉพาะที่ชื่อ Maemod_Array นั่นก็คือต้องเซ็ต option ชื่อ sys.template = Maemod_Array ครับ

สนใจอยากลองใช้งานก็ดูได้ที่

https://github.com/slphyx/maemod

 

Stan กับ ปัญหา linear regression

จากที่เคยไปโม้ไว้เยอะว่า Stan มันเจ๋งยังไงให้กับเพื่อนร่วมงานฟัง เมื่อวันศุกร์ที่แล้วผมก็เลยนัดโชว์แบบคร่าวๆพร้อมกับสาธิตการใช้งานกับปัญหาง่ายๆอย่าง linear regression ให้เค้าดูกันครับ ก็เลยคิดว่าจะเอาที่ไปโม้ไว้มาใส่ไว้ที่นี่ด้วยเผื่อว่าใครสนใจใช้งาน Stan แต่ไม่รู้จะเริ่มตรงไหน หวังว่าคงมีประโยชน์กันบ้าง

Stan จัดว่าเป็น Probabilistic Programming Language อันหนึ่งที่ช่วยให้เราทำโมเดลที่เกี่ยวข้องกับความน่าจะเป็นในแบบที่ต้องอาศัยทฤษฎีเบย์ได้ง่ายขึ้น และปัญหาที่เราสามารถเอา Stan มาใช้ประโยชน์ก็เช่นด้าน optimization ครับ ซึ่งโปรแกรมด้านนี้มันก็มีหลายตัวครับเช่น WinBUGS/OpenBUGS, JAGS และอื่นๆอีกมาก ลองดูเพิ่มเติมที่ http://probabilistic-programming.org/wiki/Home ครับ

ตัวอย่างที่เอามาโชว์นี้ก็มาจากที่ผมเคยพูดไว้แล้วที่  http://www.sakngoi.com/2017/03/22/probabilistic-programming-language/ เรื่องที่เราจะหาค่า \alpha, \beta จากข้อมูลที่เรามีโดยที่โมเดลของเราเป็นสมการเส้นตรง y = \alpha+\beta x

อันนี้ตัวอย่างcode R สำหรับสร้างข้อมูลที่เอามาfitกับ Stan ครับ

set.seed(12345)
fakedata<-function(alpha, beta, t){
 err<-rnorm(length(t),mean = 0, sd = 5)
 fake<-data.frame(time=t,y=alpha + beta*t +err)
 return(fake)
}
ob<-fakedata(alpha = 1.5, beta = 0.5, 1:100)
plot(ob)

# using lm to fit the fake data
lmfit<-lm(ob$y ~ ob$time)
cat(paste0("alpha = ",format(round(lmfit$coefficients[1],4),nsmall = 4), " beta = ", format(round(lmfit$coefficients[2],4),nsmall = 4)))
abline(lmfit, col='red')

ซึ่งจากข้อมูลที่สร้างมานี้เรามารถใช้คำสั่ง lm หาได้ว่าค่า \alpha, \beta เป็นเท่าไหร่โดยคำตอบที่ได้นี้มาจากเทคนิคที่เรียกว่า QR decomposition ซึ่งจะต่างจากเทคนิค Markov chain Monte Carlo  ที่ใช้ใน Stan ที่คำตอบจะออกมาเป็นในลักษณะของdistributionที่เราประมาณได้ว่าค่าที่เป็นไปได้อาจอยู่แถวค่า median ของdistributionที่ได้นั้น

อันนี้เป็นตัวอย่างcode ที่ผมใช้fitกับข้อมูลด้านบนครับ

library(rstan)
#เป็นfunctionที่สร้างสำหรับให้ค่าเริ่มต้นของตัวแปร
initf<-function(){
 list(alpha=0.1,beta=0.1,sig=0.1)
}
#สร้างตัวแปรdataใหม่ในรูปแบบของlist
dat <- list(y=ob$y,x=ob$time,np=length(ob$y))

#codeของstan
mymodel <- "
functions{
 real fn(real x, real alpha, real beta){
 return alpha + beta*x;
 }
}
data{
 int np;
 vector[np] y;
 vector[np] x;
}
parameters{
 real alpha; 
 real beta;
 real sig;
}
model{
 vector[np] md;

alpha ~ uniform(-5,5);
 beta ~ uniform(-5,5);
 sig ~ uniform(0,30);

for(i in 1:np)
 md[i] <- fn(x[i],alpha,beta);

y ~ normal(md,sig);
}
generated quantities{
 vector[np] y_pred;
 vector[np] md;

for(i in 1:np)
 md[i] <- fn(x[i],alpha,beta);

for(i in 1:np)
 y_pred[i] <- normal_rng(md[i], sig);

}
"
stanout <- stan(model_code = mymodel, data = dat, chains = 1, iter = 10000, init = initf)
summary(stanout,pars=c("alpha","beta"),probs=c(0.025,0.5,0.975))$summary

ตัวอย่างของoutputของค่าที่ได้ครับ

บางคนพอเห็นcodeของ Stanแล้วบอกว่าจะมาเสียเวลาเขียนทำไมยาวๆใช้ lm สิบันทัดเดียวจบเลย ก็จริงครับสำหรับปัญหาง่ายๆแบบนี้ แต่ถ้าปัญหาที่มันซับซ้อนกว่านี้ล่ะ ผมหมายถึงโมเดลที่มันมีหลายตัวแปรที่ซับซ้อนในการคิดและแน่นอนไม่ได้เป็นแบบ linear ล่ะ Stan มันถูกออกแบบมาให้ใช้กับปัญหาที่หลากหลายครับ แต่มันก็ต้องเปลี่ยนวิธีมองปัญหาให้เป็นแบบเบย์ (Bayesian) ครับ อย่างเช่นในปัญหานี้ ….

เดี๋ยวมาต่อ