มาลองทำ Molecular Dynamics Simulation ของโปรตีนกันครับ 1

มาลองทำ Molecular Dynamics Simulation ของโปรตีนกันครับ

โปรแกรมที่ผมใช้ในการคำนวณคือ NAMD ส่วนที่เอาไว้ใช้ดูโครงสร้างสวยๆของโปรตีนคือ VMD

ทั้งสองโปรแกรมนี้ฟรีครับ

โปรตีนที่ผมพูดถึงนี้ก็คือ HIV 1-RT (reverse transcriptase) ครับ เราจะมาลองดูครับว่าเจ้าสาย DNA หรือโครงสร้างของโปรตีนแถวๆ Active site ของมันจะมีการเปลี่ยนแปลงไปยังไงบ้างถ้าเราใส่ตัว Inhibitor หรือยาอย่าง adefovir หรือ tenofovir เข้าไป โครงสร้างของโปรตีนที่ผมใช้คือ 1T05 ซึ่งสามารถdownload ได้จากเวบ www.pdb.org

รูปด้านล่างนี้แสดงลำดับของนิวคลีโอไทด์กับตำแหน่งของกรดอะมิโนจากโปรตีนที่ผมว่าจะเอาไว้ดูว่ามันเจ้าสายDNA กับ HIV-RT มันมีอะไรกันหรือเปล่า จริงๆแล้วมันก็คือสะพานเกลือครับ 🙂 เรียกตรงๆเลย ผมสนใจว่าเจ้าฟอสเฟตจากสาย DNA กับพวกขั้วบวกจากกรดอะมิโนอย่างไลซีนกับอาร์จินินมันจะแนบแน่นขนาดไหนตลอดเวลาหรือเปล่า ซึ่งผมก็หาอยู่ตั้งนานก็เจอตัวที่ใกล้ที่กันมากที่สุดก็ตามรูปเลยครับ

ส่วนเจ้าสาย DNA เราก็จะดูว่า furanose ring มันมีการผับตัวหรือบิดยังไง (sugar puckering) ในตำแหน่งต่างๆ

แต่ก่อนจะไปดูว่าเราจะทำ Molecular dynamics ได้อย่างไรเราก็ควรจะเข้าใจก่อนสักนิดหนึ่งว่า Molecular dynamics คืออะไรซึ่งเดี๋ยวผมจะเล่าให้ฟังคร่าวๆนะครับส่วนใครที่สนรายละเอียดทางด้านทฤษฎีของ Molecular dynamics ผมแนะนำให้อ่านหนังสือตามนี้เลยครับ

The Art of Molecular Dynamics Simulation by D. C. Rapaport

Understanding Molecular Simulation, Second Edition: From Algorithms to Applications (Computational Science) by Daan Frenkel and Berend Smit

Molecular Modeling and Simulation by Tamar Schlick

Molecular Modelling: Principles and Applications (2nd Edition) by Andrew R. Leach

Computer Simulation of Liquids by M. P. Allen and D. J. Tildesley

ทำไมถึงต้องเป็นห้าเล่มนี้ ง่ายๆเลยครับเพราะผมมีแค่ห้าเล่มนี้เอง 🙂

ต่อตอน 2