Tag: WINBUGS

เรื่องปวดหัว R structure vs WinBUGS structure

พอดีเขียนโปรแกรมใช้งาน WinBUGS  ผ่าน RLink ใน Mathematica แล้วเจอการส่งและรับค่าแปลกๆของตัวแปรประเภท structure ที่มีการเขียนหรือวางตำแหน่งของอาร์เรย์ไม่เหมือนกัน คือว่า จาก .Data ที่เป็นlistของตัวเลขจะถูกแปลงเป็นอาร์เรย์สองมิติโดยที่ใน Rจะใส่ตัวเลขลงในแต่ละcolumnหรือตามแนวตั้ง แต่WinBUGS จะใส่ตัวเลขตามแถวหรือแนวนอน ระวังกันด้วยเน้อ… http://www.openbugs.net/Manuals/ModelSpecification.html#FormattingOfData  

ใช้ Mathematica อ่านไฟล์ coda ที่ได้จาก WinBUGS/OpenBUGS

เราใช้Mathematicaอ่านไฟล์ coda กับ index ของมันที่ได้จาก WinBUGS/OpenBUGS แต่ล่ะ chain ด้วยคำสั่ง ReadList เช่น codaIndex=Partition[ReadList[“codaIndex.txt”,Word],3]; codaCH1=Partition[ReadList[“coda1.txt”,Word],2]; จากนั้นก็เขียนคำสั่งตามนี้เลยครับ โดยที่คำสั่ง posCodaIdx จะเป็นการหาตำแหน่งของโหนด(obj)ที่เราต้องการอยู่ตำแหน่งที่เท่าใดถึงเท่าใดบ้างในไฟล์coda ส่วน codaObj จะเป็นการแสดงลิสต์ตัวเลขหรือchainของobjนั้น posCodaIdx[obj_]:=ToExpression@(codaIndex[[Position[codaIndex,obj]//Flatten//First]]//Rest) codaObj[obj_]:=ToExpression@codaCH1[[#1;;#2,2]]&@@posCodaIdx[obj] ตัวอย่าง  

การ fit ข้อมูลหลายชุดกับโมเดล

สมมติให้ว่าเรามีผลการทดลองอันหนึ่งที่มีการทำซ้ำอยู่ทั้งหมด 10 ครั้ง และในแต่ละครั้งเราก็จะได้ผลจากการวัดมาทั้งหมด 25 ค่า (t = 1,2,..,25) เมื่อเรานำว่าเขียนกราฟก็จะมีหน้าตาแบบนี้ และเราก็มีว่าโมเดลหรือแบบจำลองที่จะอธิบายผลการทดลองนี้คือ y(t)=C0 exp(-ke*t) ซึ่งถ้าเราทำการ fit ข้อมูลที่ได้จากการทดลองแต่ล่ะครั้งกับโมเดลนี้เราก็จะได้ค่า C0 และ ke สำหรับแต่ละการทดลอง เช่น ถ้าใช้ คำสั่ง NonlinearModelFit หรือ FindFit ก็จะได้ ลองแสดงผลจากการ fit กับข้อมูลจากแต่ละการทดลองด้วย Manipulate หรือจะใช้ WinBUGS ในการหาก็ได้ครับ เช่น ให้ค่าที่ได้จากการวัดจากการทดลอง i ที่เวลา j (y[i,j]) มีการคลาดเคลื่อนจากโมเดล (mod[i,j]) เล็กน้อย (บวก/ลบ SD = 1/sqrt(tau))แบบnormal distribution ลองดู WinBUGS code ด้านล่างนี้นะครับ โดยเรากำหนดให้ว่า ค่า C0

ใช้ RLink ช่วยในการทำ MCMC ด้วย WinBUGS

อันนี้เป็นอีกตัวอย่างที่ผมใช้ประโยชน์ RLink ใน Mathematica ครับ ผมมีแบบจำลองอันหนึ่งที่ผมเขียนด้วยภาษา Oberon (โบราณมาก; http://en.wikipedia.org/wiki/Oberon_(programming_language)) เพื่อใช้ใน WinBUGS อีกทีเพื่อทำ Markov Chain Monte Carlo (MCMC; http://en.wikipedia.org/wiki/Markov_chain_Monte_Carlo) ด้วยเทคนิค Gibbs Sampling (http://en.wikipedia.org/wiki/Gibbs_sampling) ในการประมาณค่าตัวแปรของแบบจำลองครับ ในการทำ MCMC เพื่อประมาณค่าตัวแปรของแบบจำลองกับข้อมูลแต่ละชุดของผมนี้จะใช้เวลาประมาณ 15 นาที ซึ่งค่อนข้างจะเสียเวลามากถ้าทำทีละครั้งกับข้อมูลทั้งหมดที่มี ดังนั้นผมเลยใช้ RLink ช่วย วิธีที่ผมทำก็คือใช้ R เรียก WinBUGS ด้วยแพ็คเกจ R2WinBUGS แล้วก็ใช้ RLink ช่วยเรียก R อีกทีครับ จากนั้นผมก็เอามาทำ parallel ใน Mathematica ครับ อันนี้เป็นตัวอย่าง code ครับ เราจะทำการโหลด RLink ไปที่ kernels ทุกตัว

ปัญหา R2WinBUGS เรียก WinBUGS ช้า

ปัญหาที่เจอคือหลังจากที่ใช้งาน WinBUGS ผ่าน R2WinBUGS ไปสักพักรู้สึกว่าตัว WinBUGS มันช้ากว่าที่ตัวมันเองจะเริ่มประมวนผล ก็พยามยามหาดูว่ามันเป็นเพราะอะไร สุดท้ายไปเจอว่าไฟล์ ชื่อ Registry.odc และ Registry_Rsave.odc ใน System\Rsrc ของ WinBUGS มันมีขนาดใหญ่มากประมาณ 16 GB ! ก็เลยตัดสินใจลบมันทิ้งทั้งคู่ แล้วลอง R2WinBUGS ใหม่ปรากฏว่ามันกลับมาเร็วเหมือนเดิมและเจ้าไฟล์ทั้งสองก็ถูกสร้างขึ้นมาใหม่ที่ขนาดเล็กกว่าเดิม ฉะนั้นใครที่เจอปัญหานี้ให้ลองดูที่ขนาดไฟล์ Registry ทั้งสองนี้ด้วยนะครับ

การเพิ่ม function เข้าไปใน WINBUGS

การเพิ่ม function เข้าไปใน WINBUGS ผมมีข้อมูลที่ต้องการนำมาเปรียบเทียบกับแบบจำลองการเพิ่มจำนวนของเชื้อมาลาเรียในร่างกายผู้ติดเชื้อที่เสนอโดย N.J. White et al. ด้วยเทคนิค Markov chain Monte Carlo (MCMC) และผมได้เขียนโปรแกรมด้วย Mathematica ตัวอย่างตามนี้ครับ เพื่อช่วยในการเปรียบเทียบนี้แต่ติดปัญหาว่าข้อมูลมีจำนวนมากและโปรแกรมที่ผมเขียนด้วย Mathematica นี้ค่อนข้างช้า มีคนแนะนำให้ทดลองใช้ WINBUGS แต่ภาษาของ BUGS เองไม่เหมาะที่จะนำมาประยุกต์ใช้กับแบบจำลองที่ผมต้องการได้  แต่ผมก็ไปพบว่าเราสามารถที่จะเพิ่มคำสั่งหรือfunction เข้าไปในตัว WINBUGS ได้ด้วยการเขียนภาษาที่เรียกว่า Component Pascal  ผ่านโมดูลอันหนึ่งที่เรียกว่า WBDev ด้วยตัวโปรแกรมที่เรียกว่า BlackBox  ซึ่งผมจะอธิบายคร่าวๆว่าทำอย่างไร 1. ก่อนอื่นเลยก็ทำการติดตั้ง BlackBox จากนั้นก็ copy ไฟล์และ folder ทั้งหมดของ WINBUGS (version > 1.4) ไปว่างไว้ใน folder ของ BlackBox 2. จากนั้นก็เปิด template ไฟล์ที่ชื่อ