Tag: VMD

ติดตั้ง driver ของ nvidia quadro บน Scientific Linux 6.1

พอดีว่าได้เครื่อง Dell Precision T1600 มาทำงานด้าน Molecular Simulation เครื่องมีการ์ดจอที่สนับสนุน CUDA มาด้วยคือ Nvidia Quadro 2000 หลังจากติดตั้ง Scientifc Linux (SL6.1) เสร็จแล้ว ก็ทำการเพิ่ม Repository จาก elrepo.org เข้าไป ตามนี้ rpm –import http://elrepo.org/RPM-GPG-KEY-elrepo.org rpm -Uvh http://elrepo.org/elrepo-release-6-4.el6.elrepo.noarch.rpm จากนั้นก็ติดตั้ง package ชื่อ kmod-nvidia yum –disablerepo=\* –enablerepo=elrepo install kmod-nvidia  แล้วก็ reboot เครื่องใหม่ เป็นอันเสร็จพิธี ลอง render โครงสร้างของโปรตีนโดยใช้ VMD ปรากฏว่าเร็วมากอย่างเห็นได้ชัด  

Fix Backbone Atoms & Restrain CA Atoms

Fix Backbone Atoms set all [atomselect top all] set to_fix [atomselect top “protein and backbone”] $all set beta 0 $to_fix set beta 1 $all writepdb fix_backbone.pdb Restrain CA Atoms set all [atomselect top all] set sel [atomselect top “protein and name CA”] $all set beta 0 $sel set beta 0.5 $all writepdb restrain_ca.pdb

มาลองทำ Molecular Dynamics Simulation ของโปรตีนกันครับ 1

มาลองทำ Molecular Dynamics Simulation ของโปรตีนกันครับ โปรแกรมที่ผมใช้ในการคำนวณคือ NAMD ส่วนที่เอาไว้ใช้ดูโครงสร้างสวยๆของโปรตีนคือ VMD ทั้งสองโปรแกรมนี้ฟรีครับ โปรตีนที่ผมพูดถึงนี้ก็คือ HIV 1-RT (reverse transcriptase) ครับ เราจะมาลองดูครับว่าเจ้าสาย DNA หรือโครงสร้างของโปรตีนแถวๆ Active site ของมันจะมีการเปลี่ยนแปลงไปยังไงบ้างถ้าเราใส่ตัว Inhibitor หรือยาอย่าง adefovir หรือ tenofovir เข้าไป โครงสร้างของโปรตีนที่ผมใช้คือ 1T05 ซึ่งสามารถdownload ได้จากเวบ www.pdb.org รูปด้านล่างนี้แสดงลำดับของนิวคลีโอไทด์กับตำแหน่งของกรดอะมิโนจากโปรตีนที่ผมว่าจะเอาไว้ดูว่ามันเจ้าสายDNA กับ HIV-RT มันมีอะไรกันหรือเปล่า จริงๆแล้วมันก็คือสะพานเกลือครับ 🙂 เรียกตรงๆเลย ผมสนใจว่าเจ้าฟอสเฟตจากสาย DNA กับพวกขั้วบวกจากกรดอะมิโนอย่างไลซีนกับอาร์จินินมันจะแนบแน่นขนาดไหนตลอดเวลาหรือเปล่า ซึ่งผมก็หาอยู่ตั้งนานก็เจอตัวที่ใกล้ที่กันมากที่สุดก็ตามรูปเลยครับ ส่วนเจ้าสาย DNA เราก็จะดูว่า furanose ring มันมีการผับตัวหรือบิดยังไง (sugar puckering) ในตำแหน่งต่างๆ แต่ก่อนจะไปดูว่าเราจะทำ Molecular