ปัญหาติดตั้ง PsN บน Rocks

PsN บอกว่าต้องการโมดูล perl Archive::Zip แต่ปรากฏว่า พอลง perl-Archive-Zip หรือ perl-Archive-Any แล้วมันก็ยังมีปัญหา

ตัวโมดูลที่ถูกต้องสำหรับลงบน Rocks (CentOs 6.6) คือ perl-Compress-Raw-Zlip

 

Rocks shutdown, reinstall

To shutdown all the compute nodes:

cluster-fork “shutdown -h now”
or
rocks run host “shutdown -h now”

To shutdown frontend:

shutdown -h now

To reboot after shutdown

rocks run host compute “/sbin/shutdown -r now”

reinstall nodes, how?
On a particular node (not on frontend)

/boot/kickstart/cluster-kickstart-pxe

On the frontend

rocks set host boot action=install compute-0-0

 

 

ติดตั้ง NONMEM 7.2 บนระบบ Rocks 6.0

พอดีว่าเพิ่งลงระบบ Rocks 6.0 (ไม่มีการปรับแต่งอะไรเลย click next next next อย่างเดียวเลย) แล้วต้องการลง NONMEM 7.2 และ PsN 3.5.3 เพื่อใช้งาน ทุกอย่างดูเหมือนจะเสร็จเรียบร้อยดี เพราะลองรันคำสั่งของ NONMEM หรือ PsN ในเครื่อง head node แล้วสามารถรันได้ไม่มีปัญหา แต่พอลองส่งงานไปที่ compute node ผ่าน SGE กลับมีปัญหาว่า

/usr/bin/ld: cannot find -lm collect2: ld returned 1 exit status No nonmem execution. Fatal Error: Fortran Compilation by /share/apps/nm72/run/nmfe72 failed. No NONME M executable produced. Run psn.mod in NM_runX subdirectory with /share/apps/nm72/run/nmfe72 directly to  diagnose the problem.  at /share/apps/PsN3.5.3/core/PsN_3_5_3/nonmem.pm line 36 Compilation failed. There is no output for model 1

หลังจากเช็คดูเรื่อง library ของ gfortran ปรากฏว่าบนเครื่อง compute node ไม่ได้ลง package ชื่อ glibc-static-2.12-1.47.el6_2.9.x86_64.rpm เหมือนในเครื่อง head node ซึ่งมันแปลกทั้งที่เป็น package ที่น่าจะสำคัญ  หลังจากติดตั้ง package นี้แล้วปัญหาก็หมดไปเลย 🙂

 

การเซ็ต $PATH ใน Rocks Cluster

สำหรับคนที่เพิ่งจะใช้งาน Rocks Cluster ครับ หลังจากที่ทำการติดตั้งโปรแกรมใหม่ไว้ที่ /share/apps/yourapps (สมมุติว่าโปรแกรมเก็บไว้ใน folder ชื่อ yourapps) ซึ่งเครื่อง compute nodes ทุกเครื่องสามารถมองเห็นแล้ว ผมเชื่อว่าทุกคนก็ต้องการเซ็ต PATH ให้ผู้ใช้งานสามารถเรียกใช้ได้ทุกคน วิธีที่สะดวกและง่ายที่สุดก็คือ สร้างไฟล์ชื่ออะไรก็ได้ครับ เช่น xxx.sh ไว้ใน /share/apps ครับที่ในไฟล์นี้บรรจุบรรทัดนี้ไว้ครับ

export PATH=”/share/apps/yourapps/:$PATH”

หลังจากนั้นก็ทำงาน copy ไปไว้ใน /etc/profile.d/ ของ compute nodes ทุกเครื่องครับด้วยคำสั่ง

rocks run host “cp /share/apps/xxx.sh /etc/profile.d/”

หรือจะใช้วิธีของ 411 ก็ได้ครับ เพียงแก้ไขไฟล์ /var/411/Files.mk จากนั้นก็พิมพ์ “make” ครับไฟล์ xxx.sh ก็จะถูกcopyไปยังเครื่อง compute nodes ทั้งหมด