Tag: parallel

Nonmem parallel problem

อันนี้เป็นข้อความของปัญหาการใช้งาน Nonmem 7.2 แบบขนาน ที่เกิดหลังจากที่ลงระบบของ cluster ใหม่ด้วย  Rocks 6.1(Emerald Boa) ครับ USING PARALLEL PROFILE /home/XXX/run1/mpilinux8.pnm MPI TRANSFER TYPE SELECTED Exit status = 1 IN MPI /share/apps/nm72/mpi/mpi_ling/libmpich.a: could not read symbols: File in wrong format collect2: ld returned 1 exit status No nonmem execution. ซึ่งผมพบว่าตัว libmpich.a ที่มากับ Nonmem นั้นจะเก่ากว่าตัวที่มีอยู่ใน cluster วิธีการแก้ปัญหานี้ผมก็เพียง copy ตัวที่มีอยู่แล้ว (จาก /opt/mpich2/gnu/lib) มาแทนที่ตัวที่ Nonmem ให้มาครับ ปัญหาก็จบเลย

การติดตั้งและใช้งาน Mathematica บนระบบ Rocks Clusters

พอดีมีโอกาสได้ติดตั้งและทดลองใช้งาน Mathematica บนระบบ Cluster ของหน่วยงานหนึ่ง ก็เลยจะมาเล่าให้ฟังครับ ระบบ Cluster ที่พูดถึงนี้ใช้ระบบ Rocks Clusters (www.rocksclusters.org) ซึ่งก็คือ Linux ที่มีการเพิ่มความสามารถการจัดการ Cluster เข้าไป งานที่ระบบ Cluster นี้ถูกใช้จะเป็นงานคำนวณด้วย software หลักๆอย่าง Gromacs, NAMD, NONMEM, R และก็ที่หน่วยงานนี้เขียนขึ้นกันเองโดยใช้ mpi บ้าง license ของ Mathematica ที่ได้มานี้เป็นแบบ network ครับ นั่นหมายความว่าเราต้องทำการติดตั้ง Mathematica License Manager หรือ mathlm ก่อน  ซึ่งผมก็ได้ลง mathlm ไว้บน server อีกตัวซึ่งเป็นระบบ Windows server 2008 ที่หน่วยงานนี้เค้าใช้เป็น license server สำหรับโปรแกรมตัวอื่นๆด้วย ในการลงก็ไม่ได้ยุ่งยากอะไรครับเพียงแต่ตอบคำถามไปเรื่อยๆ

เกี่ยวกับ AppendTo Sow Reap

ดูเหมือนว่าการใช้ AppendTo ในการเก็บค่าของตัวแปรที่สนใจจะทำให้การคำนวณช้าลงเมื่อ list ของตัวแปรมีขนาดใหญ่ขึ้นเรื่อย ๆ แนะนำว่าควรจะใช้ Sow และ Reap ช่วยจะดีกว่า ซึ่งก็ช่วยได้ เร็วขึ้นมาจริง (รู้สึกได้) ถ้าต้องการจะใช้ Sow แบบ Parallel ก็ทำแบบนี้ได้ครับ SetSharedFunction[ParallelSow] ParallelSow[expr_]:=Sow[expr]