SakNgoi

Tag: parallel

Nonmem parallel problem

อันนี้เป็นข้อความของปัญหาการใช้งาน Nonmem 7.2 แบบขนาน ที่เกิดหลังจากที่ลงระบบของ cluster ใหม่ด้วย  Rocks 6.1(Emerald Boa) ครับ USING PARALLEL PROFILE /home/XXX/run1/mpilinux8.pnm MPI TRANSFER TYPE SELECTED Exit status = 1 IN MPI /share/apps/nm72/mpi/mpi_ling/libmpich.a: could not read symbols: File in wrong format collect2: ld returned 1 exit status No nonmem execution. ซึ่งผมพบว่าตัว libmpich.a ที่มากับ Nonmem นั้นจะเก่ากว่าตัวที่มีอยู่ใน cluster วิธีการแก้ปัญหานี้ผมก็เพียง copy ตัวที่มีอยู่แล้ว (จาก /opt/mpich2/gnu/lib) มาแทนที่ตัวที่ Nonmem ให้มาครับ ปัญหาก็จบเลย […]

การติดตั้งและใช้งาน Mathematica บนระบบ Rocks Clusters

พอดีมีโอกาสได้ติดตั้งและทดลองใช้งาน Mathematica บนระบบ Cluster ของหน่วยงานหนึ่ง ก็เลยจะมาเล่าให้ฟังครับ ระบบ Cluster ที่พูดถึงนี้ใช้ระบบ Rocks Clusters (www.rocksclusters.org) ซึ่งก็คือ Linux ที่มีการเพิ่มความสามารถการจัดการ Cluster เข้าไป งานที่ระบบ Cluster นี้ถูกใช้จะเป็นงานคำนวณด้วย software หลักๆอย่าง Gromacs, NAMD, NONMEM, R และก็ที่หน่วยงานนี้เขียนขึ้นกันเองโดยใช้ mpi บ้าง license ของ Mathematica ที่ได้มานี้เป็นแบบ network ครับ นั่นหมายความว่าเราต้องทำการติดตั้ง Mathematica License Manager หรือ mathlm ก่อน  ซึ่งผมก็ได้ลง mathlm ไว้บน server อีกตัวซึ่งเป็นระบบ Windows server 2008 ที่หน่วยงานนี้เค้าใช้เป็น license server สำหรับโปรแกรมตัวอื่นๆด้วย ในการลงก็ไม่ได้ยุ่งยากอะไรครับเพียงแต่ตอบคำถามไปเรื่อยๆ […]

เกี่ยวกับ AppendTo Sow Reap

ดูเหมือนว่าการใช้ AppendTo ในการเก็บค่าของตัวแปรที่สนใจจะทำให้การคำนวณช้าลงเมื่อ list ของตัวแปรมีขนาดใหญ่ขึ้นเรื่อย ๆ แนะนำว่าควรจะใช้ Sow และ Reap ช่วยจะดีกว่า ซึ่งก็ช่วยได้ เร็วขึ้นมาจริง (รู้สึกได้) ถ้าต้องการจะใช้ Sow แบบ Parallel ก็ทำแบบนี้ได้ครับ SetSharedFunction[ParallelSow] ParallelSow[expr_]:=Sow[expr]

Back to top
%d bloggers like this: