CUDA ใน Mathematica ทำให้การคำนวณเร็วขึ้น

ทดลองเปรียบเทียบว่าถ้าใช้ GPU คำนวณใน Mathematica จะเร็วขึ้นจากที่ใช้ CPU มากน้อยเท่าใด  เครื่องที่ใช้ทดสอบคือ Dell Precision T5500 , CPU Xeon 2.66 GHz X5650  RAM 12GB, Windows 7  64-Bit, NVIDIA Quadro 4000, Mathematica 8.0.4

คำสั่งที่ใช้ครับ
a=RandomReal[{0,1},{2048,2048}];
b=RandomReal[{0,1},{2048,2048}];
AbsoluteTiming[Do[CUDADot[a,b];,{100}];]
AbsoluteTiming[Do[Dot[a,b];,{100}];]

c=RandomReal[{0,1},{512,512}];
AbsoluteTiming[Do[CUDAFourier[c];,{100}]]
AbsoluteTiming[Do[Fourier[c];,{100}]]

ติดตั้ง driver ของ nvidia quadro บน Scientific Linux 6.1

พอดีว่าได้เครื่อง Dell Precision T1600 มาทำงานด้าน Molecular Simulation
เครื่องมีการ์ดจอที่สนับสนุน CUDA มาด้วยคือ Nvidia Quadro 2000
หลังจากติดตั้ง Scientifc Linux (SL6.1) เสร็จแล้ว ก็ทำการเพิ่ม Repository จาก elrepo.org เข้าไป
ตามนี้
rpm –import http://elrepo.org/RPM-GPG-KEY-elrepo.org

rpm -Uvh http://elrepo.org/elrepo-release-6-4.el6.elrepo.noarch.rpm

จากนั้นก็ติดตั้ง package ชื่อ kmod-nvidia

yum –disablerepo=\* –enablerepo=elrepo install kmod-nvidia 

แล้วก็ reboot เครื่องใหม่ เป็นอันเสร็จพิธี

ลอง render โครงสร้างของโปรตีนโดยใช้ VMD ปรากฏว่าเร็วมากอย่างเห็นได้ชัด