Nonmem parallel problem

อันนี้เป็นข้อความของปัญหาการใช้งาน Nonmem 7.2 แบบขนาน ที่เกิดหลังจากที่ลงระบบของ cluster ใหม่ด้วย  Rocks 6.1(Emerald Boa) ครับ

USING PARALLEL PROFILE /home/XXX/run1/mpilinux8.pnm

MPI TRANSFER TYPE SELECTED

Exit status = 1

IN MPI

/share/apps/nm72/mpi/mpi_ling/libmpich.a: could not read symbols: File in wrong format

collect2: ld returned 1 exit status

No nonmem execution.

ซึ่งผมพบว่าตัว libmpich.a ที่มากับ Nonmem นั้นจะเก่ากว่าตัวที่มีอยู่ใน cluster วิธีการแก้ปัญหานี้ผมก็เพียง copy ตัวที่มีอยู่แล้ว (จาก /opt/mpich2/gnu/lib) มาแทนที่ตัวที่ Nonmem ให้มาครับ ปัญหาก็จบเลย

 

 

 

ติดตั้ง NONMEM 7.2 บนระบบ Rocks 6.0

พอดีว่าเพิ่งลงระบบ Rocks 6.0 (ไม่มีการปรับแต่งอะไรเลย click next next next อย่างเดียวเลย) แล้วต้องการลง NONMEM 7.2 และ PsN 3.5.3 เพื่อใช้งาน ทุกอย่างดูเหมือนจะเสร็จเรียบร้อยดี เพราะลองรันคำสั่งของ NONMEM หรือ PsN ในเครื่อง head node แล้วสามารถรันได้ไม่มีปัญหา แต่พอลองส่งงานไปที่ compute node ผ่าน SGE กลับมีปัญหาว่า

/usr/bin/ld: cannot find -lm collect2: ld returned 1 exit status No nonmem execution. Fatal Error: Fortran Compilation by /share/apps/nm72/run/nmfe72 failed. No NONME M executable produced. Run psn.mod in NM_runX subdirectory with /share/apps/nm72/run/nmfe72 directly to  diagnose the problem.  at /share/apps/PsN3.5.3/core/PsN_3_5_3/nonmem.pm line 36 Compilation failed. There is no output for model 1

หลังจากเช็คดูเรื่อง library ของ gfortran ปรากฏว่าบนเครื่อง compute node ไม่ได้ลง package ชื่อ glibc-static-2.12-1.47.el6_2.9.x86_64.rpm เหมือนในเครื่อง head node ซึ่งมันแปลกทั้งที่เป็น package ที่น่าจะสำคัญ  หลังจากติดตั้ง package นี้แล้วปัญหาก็หมดไปเลย 🙂