Tag: deSolve

ปัญหา unlock_solver จาก แพ็คเกจ deSolve

ถ้าใครที่เจอปัญหา unlock solver ตอนที่ใช้คำสั่งพวก ode solver จาก แพ็คเกจ deSolve เช่น Error in .C(“unlock_solver”) : “unlock_solver” not resolved from current namespace (deSolve)   ให้ลองแก้ปัญหาโดยโหลด deSolve ด้วยคำสั่งนี้แทนครับ library.dynam.unload(“deSolve”, libpath=paste(.libPaths()[1], “//deSolve”, sep=””)) library.dynam(“deSolve”, package=”deSolve”, lib.loc=.libPaths()[1])   หรือไม่ก็ลองโหลด deSolve ก่อนที่จะเรียกใช้งานพวก shared library (.dll, .so) ครับ      

maemod package

จากที่เคยเขียนไว้เกี่ยวกับ r package อันหนึ่งที่ผมเขียนชื่อ maemod สำหรับช่วยให้คนที่สนใจอยากคำนวณพวก ode ได้ง่ายขึ้น (ดูข้างล่าง) maemod (แม่มด) มีคนสนใจว่าถ้าพวกตัวแปร state ต่างๆนั้นเป็นแบบ array จะทำอย่างไร ผมเลยเขียนตัวอย่างพร้อมกับเพิ่มความสามารถด้านarrayนี้เข้าไป พอใช้ได้ไปคร่าวๆก่อน ดูตัวอย่างข้างล่างนี้ครับ # Example from Berkeley Madonna # for using Array # METHOD RK4 # # STARTTIME = 0 # STOPTIME = 20 # DT = 0.02 # # d/dt (A[1]) = -k[1]*A[1] # d/dt (A[2..n-1]) = k[i-1]*A[i-1]-k[i]*A[i]

ใช้ประโยชน์จาก rstan

ถ้าใครได้ใช้ deSolve สำหรับแก้ปัญหาเชิงตัวเลขของระบบสมการเชิงอนุพันธ์(ode) แล้วจะเห็นว่ามันมีข้อจำกัดเรื่องความเร็วอยู่ เพราะถ้าเขียน function ของสมการด้วย R แล้วจะช้ามาก ยิ่งถ้ามีการเอาfunction ไปใช้ fitting ด้วยเทคนิคอย่าง Markov chain monte carlo แล้วนี่เลิกคิดได้เลยสำหรับระบบใหญ่ ๆ deSolve เองก็พยายามแก้ปัญหานี้ โดยผู้ใช้สามารถเรียกใช้ function ที่เขียนใน C/C++ ที่คอมไพล์แล้วมาใช้ได้ แต่ก็ยังดูยากพอสมควรสำหรับคนที่ไม่เคยเขียน C/C++ เลย แต่มันก็ยังพอมีวิธีที่ดีกว่าหน่อยที่อยากจะแนะนำสำหรับคนที่อยากจะเพิ่มความเร็วสำหรับใช้กับ deSolve  นั่นก็คือเขียน ในภาษาของ rstan แทนครับ โดยหลักการก็คือเขียนสมการใน rstan แล้วใช้คำสั่งของ rstan ที่เรียกว่า expose_stan_functions เพื่อที่จะคอมไพล์ function แล้วเราก็จะยังเรียกใช้ได้ใน .GlobalEnv นั่นหมายความว่าเราสามารถเรียกใช้ function ที่คอมไพล์แล้วนี้กับ deSolve ได้ครับ ตัวอย่างเช่น ผมเขียนสมการ lorenz ในไฟล์ชื่อ lorenz.stan