สักงอย ดอท คอม
เพิ่งลงใช้งาน Mathematica 13.3 ในเครื่อง Dell Precision M3581 แต่ติดปัญหาว่าพอใช้คำสั่ง CUDAQ[] แล้วมันขึ้นว่า False ทั้งที่เรามีตัวdriverและtoolsล่าสุดของ CUDA พอลองปรับเปลี่ยนก็เจอว่าหนึ่งในตัวที่ควบคุมก็คือ NVIDIA Control Panel
ซึ่งถ้าใครเจอปัญหานี้ให้ไปที่ NVIDIA Control Panel -> Workstation -> Manage GPU Utilization แล้วเลือก Use for Graphics and compute needs
หลังจากที่ลองเขียนโปรแกรมเล่น(ด้วยภาษา C)โดยใช้ CUDA สักพักแล้วเกิดของขึ้นร้อนวิชาอยากจะลองเอาไปใช้งานจริงแต่มันก็ติดว่างานส่วนใหญ่ที่ทำจะใช้ Mathematica เป็นหลัก หลายคำสั่งหรือfunction ที่เขียนขึ้นเองนั้นก็อยู่ใน Mathematica หมด ก็เลยคิดว่าแล้วจะเอาfunction ที่เขียนด้วย CUDA ไปใช้ใน Mathematica ยังไง
หลังจากงมอยู่พักใหญ่ก็พบว่า Mathematica ตั้งแต่เวอร์ชั่น 8 เป็นต้นมาสามารถที่จะใช้ความสามารถของ CUDA ได้โดย package ที่ชื่อ CUDALink ซึ่งมีมาด้วยกับตัว Mathematica แล้ว วิธีการก็เพียงโหลดpackage นี้
<<CUDALink`
จากนั้นเราก็สามารถที่จะเรียกfunction ที่เราเขียนเข้าไปได้ด้วยคำสั่ง CUDAFunctionLoad ครับเช่น
จะว่าไปแล้ว CUDAFunctionLoad นี่มันก็เจ๋งดีครับทำให้ทุกอย่างง่ายไปหมด แต่ก็ยังมีเรื่องที่ต้องปวดหัวหรือระวังเกี่ยวกับชนิดของตัวแปรครับ
ดูรายละเอียดเพิ่มเติมได้ที่ http://reference.wolfram.com/mathematica/CUDALink/ref/CUDAFunctionLoad.html
ทดลองเปรียบเทียบว่าถ้าใช้ GPU คำนวณใน Mathematica จะเร็วขึ้นจากที่ใช้ CPU มากน้อยเท่าใด เครื่องที่ใช้ทดสอบคือ Dell Precision T5500 , CPU Xeon 2.66 GHz X5650 RAM 12GB, Windows 7 64-Bit, NVIDIA Quadro 4000, Mathematica 8.0.4
คำสั่งที่ใช้ครับ
a=RandomReal[{0,1},{2048,2048}];
b=RandomReal[{0,1},{2048,2048}];
AbsoluteTiming[Do[CUDADot[a,b];,{100}];]
AbsoluteTiming[Do[Dot[a,b];,{100}];]
c=RandomReal[{0,1},{512,512}];
AbsoluteTiming[Do[CUDAFourier[c];,{100}]]
AbsoluteTiming[Do[Fourier[c];,{100}]]
เครื่องที่ผมใช้งานลง Windows 7 64 bits พร้อมกับ Visual C++ Express 2010 กับ Windows SDK 7.1 และ NVIDIA SDKs Toolkit แล้วมีปัญหาในการ compile library ใน Mathematica ด้วย CreateLibrary หรือ CreateExecuteable กับ NVCCCompiler ใน Mathematica ซึ่งมันจะขึ้น $Failed
หลังจากที่งมหาคำตอบนี้อยู่นานก็พบว่า ไฟล์ C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 10.0\VC\vcvarsall.bat” จะมีการเรียก ไฟล์ C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 10.0\vc\bin\amd64\vcvars64.bat ซึ่งมันไม่ได้ติดตั้งมาด้วยกับตัว compiler ดังนั้นผมเลยสร้างไฟล์ vcvars64.bat มาใหม่โดยใส่บรรทัดนี้ลงไปครับ
CALL “C:\Program Files\Microsoft SDKs\Windows\v7.1\Bin\SetEnv.cmd” /x64
จากนั้นก็ลงรันคำสั่งCreateLibrary ด้วยNVCCCompiler แต่ก็ยังไม่สามารถแก้ปัญหาได้ ยังขึ้น $Failed อยู่ แต่ก็ได้ลองเพิ่ม option “ShellOutputFunction”->Print ดูเพื่อจะได้รู้ว่ามันเกิดปัญหาอะไร ซึ่งก็พบว่า Mathematica มีการเรียกใช้ files พวก library จาก folder ของ NVIDIA SDKs Toolkit แต่ดันเรียก nvcc.exe จากตัวของ Mathematica เอง ผมเลย uninstall NVIDIA SDKs Toolkit ออกไป แต่ก็ได้เพิ่มตัวแปร Path ด้วย C:\Users\SLPHYX\AppData\Roaming\Mathematica\Paclets\Repository\CUDAResources-Win64-8.0.4.1\CUDAToolkit\bin; C:\Users\SLPHYX\AppData\Roaming\Mathematica\Paclets\Repository\CUDAResources-Win64-8.0.4.1\CUDAToolkit\open64\bin
(SLPHYX นี่เป็นชื่อ login ของผมครับ)
หลังจากนั้นก็ปิดแล้วเปิด Mathematica ใหม่ แล้วลองใช้ CreateLibrary กับ NVCCCompiler ก็ปรากกฏว่าใช้ได้แล้ว 🙂
พอดีว่าได้เครื่อง Dell Precision T1600 มาทำงานด้าน Molecular Simulation
เครื่องมีการ์ดจอที่สนับสนุน CUDA มาด้วยคือ Nvidia Quadro 2000
หลังจากติดตั้ง Scientifc Linux (SL6.1) เสร็จแล้ว ก็ทำการเพิ่ม Repository จาก elrepo.org เข้าไป
ตามนี้
rpm –import http://elrepo.org/RPM-GPG-KEY-elrepo.org
rpm -Uvh http://elrepo.org/elrepo-release-6-4.el6.elrepo.noarch.rpm
จากนั้นก็ติดตั้ง package ชื่อ kmod-nvidia
yum –disablerepo=\* –enablerepo=elrepo install kmod-nvidia
แล้วก็ reboot เครื่องใหม่ เป็นอันเสร็จพิธี
ลอง render โครงสร้างของโปรตีนโดยใช้ VMD ปรากฏว่าเร็วมากอย่างเห็นได้ชัด