Tag: CHARMM

มาลองทำ Molecular Dynamics Simulation ของโปรตีนกันครับ 5

ต่อจากครั้งที่แล้ว (http://www.sakngoi.com/?p=450) จากคุณสมบัติต่างๆทางเทอร์โมไดนามิคของระบบที่ต้องคำนึงถึงแล้ว ลองมาดูเรื่องของขั้นตอนของการทำ MD ว่าเราจะต้องมีอะไรคิดถึงหรือทำอะไรอีก  ในขั้นนี้ผมอยากจะให้มองว่าตัวโปรแกรมคอมพิวเตอร์สำหรับทำ MD อย่าง NAMD,GROMACS,CHARMM หรือ AMBER นั้นเป็นเหมือนกล่องดำที่จะคำนวณตำแหน่งของอะตอมต่างๆที่ประกอบเป็นโมเลกุลหรือระบบที่เราสนใจทุกๆช่วงเวลาที่เราสนใจ (รวมถึงเรื่องพลังงาน และอื่นๆอีก) เหมือนภาพถ่าย โดยที่เราจะป้อนค่าต่างๆ ของระบบที่ต้องการเข้าไป การทำ MD เราอาจแบ่งออกได้เป็นขั้นตอนต่างๆตามลำดับดังนี้ครับ Initial Input ขั้นตอนนี้เป็นขั้นตอนของการเตรียมระบบ,ไฟล์ และ ค่าพารามีเตอร์ต่างๆสำหรับในการรันMD เช่น โครงสร้างโปรตีนที่เอามาจาก PDB นั้นมันจะไม่มีตำแหน่งของไฮโรเจนมาด้วยครับ เราก็ต้องเอามาใส่ไฮโดรเจนเองซึ่งการใส่ไฮโดรเจนเข้าไปก็มีโปรแกรมช่วยครับ (เดี๋ยวพูดถึงทีหลัง 🙂 ว่ามันใส่ยังไง ถ้าไม่ขี้เกียจก่อนนะครับ) , การใส่น้ำหรือ solvate โปรตีน หรือการในประจุของธาตุต่างๆเพื่อให้ระบบของเราที่มีน้ำ+โปรตีน มีประจุเป็นศูนย์ (neutralize)  Energy minimization ในขั้นตอนนี้เป็นการขยับอะตอมที่อาจจะถูกวางไว้ใกล้กันเกินไปจากขั้นตอนของการใส่อะตอมไฮโดนเจนหรือโมเลกุลของน้ำออกจากกันหน่อย เพราะถ้าหากเราเริ่มรันMDโดยที่มันมีอะตอมที่อยู่ใกล้กันเกินไปก็จะทำให้อะตอมอาจถูกผลักออกจากกันได้ ซึ่งอาจเป็นผลให้ระบบของเราพังได้ 🙂 ในขั้นตอนนี้ ถ้าหากเรา plot graph ระหว่างพลังงานของระบบกับจำนวน step จะเห็นว่าพลังงานมันค่อยๆลดลง

การทำงานของโปรแกรมสำหรับ Molecular dynamics simulation

ใครที่สนใจว่าโปรแกรมที่เราใช้ศึกษาด้าน molecular dynamics simulation เช่น AMBER, GROMACS, CHARMM หรือ NAMD ทำงานอย่างไร ผมขอแนะนำให้ลองศึกษาจาก source codes ของ  Mindy ครับ http://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/mindy มันเป็นเหมือนเวอร์ชั่นย่อๆ ของ NAMD ครับ ซึ่งมันทำงานหลักๆอย่างที่ NAMD ทำเลยครับ จะไม่มีก็ในส่วนของการคำนวณแบบขนาน