SakNgoi

Author: Bright

External Hard Disk กับ Linux

ผมซื้อ External Hard Disk(HD) ตัวหนึ่งยี่ห้อ Western Digital (WD) ขนาด 1 TB มาเอาไว้ใช้สำรองข้อมูลจากเครื่อง laptop ของผมซึ่งเป็นระบบปฏิบัติการ Linux Debian (Lenny) ผมมีปัญหาอยู่ว่าพอต่อ HD ผ่าน USB port กับ laptop แล้วมันมองเห็นข้อมูลใน HD แต่ไม่สามารถเขียนลงไปได้  ซึ่งผมก็ได้ลองใช้คำสั่ง fdisk -l เพื่อดูว่า HD ใช้ filesystem แบบไหนก็พบว่าเป็น NTFS  แล้วใช้ คำสั่ง mount -t ntfs /dev/sdb1 /media/XHD -o rw ก็พบว่ายังไม่สามารถทำให้สามารถเขียนข้อมูลลงในHDได้  ก็เลยหาข้อมูลดูพบว่า Debian ตัวที่ผมใช้อยู่นี้ยังไม่ได้ลงpackage ที่จะช่วยให้สามารถเขียนข้อมูลบนfilesystem ที่เป็น ntfs ไว้ ซึ่ง package […]

การใส่สีพื้นหลังของกราฟจากคำสั่ง Plot

การใส่สีพื้นหลังของกราฟจากคำสั่ง Plot มีหลายวิธีครับ ด้านล่างนี้เป็นตัวอย่างครับ Plot[Sin[x], {x, 0, 4 \[Pi]}, PlotStyle -> Red, Background -> Gray]   Graphics[Inset[ Plot[Sin[x], {x, 0, 4 \[Pi]}, PlotStyle -> White, Frame -> {True, True, False, False}, FrameStyle -> Directive[White, 12]]], Background -> Gray]   bg = Graphics[ Polygon[{{0, 0}, {1, 0}, {1, 1}, {0, 1}}, VertexColors -> {Black, Black, White, […]

เขียน Mathematica package แบบง่ายๆ

มาลองเขียน Mathematica package แบบง่ายๆกันครับ Mathematica package คืออะไร Mathematica package ก็คือชุดคำสั่งหรือโปรแกรมที่ถูกเขียนขึ้นเพื่อใช้ในการคำนวณเฉพาะด้าน ซึ่งจะมีสกุล .m โดยถ้าเปิดไฟล์ .m ด้วย text editor อย่างเช่น notepad หรือ Mathematica เองเราจะเห็น code ข้างในมีคำสั่งหลักๆดังนี้ เช่น BeginPackage[ “ชื่อpackage`”] คำสั่ง1::usage = “คำสั่ง1[ x] คำอธิบายการใช้คำสั่ง1” Begin[ “Private`”] คำสั่ง1[ x_] :=  …. End[] EndPackage[] การเรียกใช้งาน package ใน Mathematica เพียงใช้คำสั่ง Get หรือเครื่องหมาย << เช่น ถ้าpackage เราชื่อ MyPackage ก็เพียงพิมพ์ Get[MyPackage`] หรือ […]

จาก f1000.com

http://f1000.com/8615961 by Christopher Plowe Intrahost modeling of artemisinin resistance in Plasmodium falciparum. S Saralamba, W Pan-Ngum,…, AM Dondorp, LJ White Proc Natl Acad Sci U S A 2011 Jan 4 108 1:397-402 PMID 21173254 DOI 10.1073/pnas.1006113108 Evaluation details: Sections: Genomics,Immunity to Infections,Cellular Microbiology & Pathogenesis,Parasitology,Pharmacogenomics,Pharmacokinetics & Drug Delivery,Antimicrobial Agents Comments: Recent reports from clinical trials […]

เกี่ยวกับ AppendTo Sow Reap

ดูเหมือนว่าการใช้ AppendTo ในการเก็บค่าของตัวแปรที่สนใจจะทำให้การคำนวณช้าลงเมื่อ list ของตัวแปรมีขนาดใหญ่ขึ้นเรื่อย ๆ แนะนำว่าควรจะใช้ Sow และ Reap ช่วยจะดีกว่า ซึ่งก็ช่วยได้ เร็วขึ้นมาจริง (รู้สึกได้) ถ้าต้องการจะใช้ Sow แบบ Parallel ก็ทำแบบนี้ได้ครับ SetSharedFunction[ParallelSow] ParallelSow[expr_]:=Sow[expr]

อ่าน input file โดยใช้ Mathematica

จากตัวอย่างเกี่ยวกับการหาคำแรกหรือชื่อตัวแปรจาก input file http://www.sakngoi.com/?p=69 เราสามารถเขียนโดยใช้ Mathematica ได้เช่น ExtractVal[txtin_List, keyword_String] := Module[{pos, val}, (* extract the value of the keyword from the input file *) (* txtin = Import[inputfile,”Table”]; *) pos = Select[Position[ToLowerCase /@ txtin, keyword], #[[2]] == 1 &]; If[Length@pos == 1, val = txtin[[pos[[1, 1]], 2]];]; val ]; โดยที่ keyword ใน function ExtractVal นั้นก็เป็นชื่อตัวแปรที่เราต้องการนำไปใช้ […]

Debian Lenny

เพราะความอยากรู้อยากเห็นนี่แหละเป็นตัวขับเคลื่อนให้มีการเรียนรู้สิ่งใหม่ๆ  นี่ก็เป็นอีกครั้งหนึ่งที่ยอม ลง Linux ใหม่โดยเปลี่ยนจาก Fedora ที่ใช้มาถึงเกือบสามปีแล้วไปเป็น Debian ตัว Debian รุ่นที่ลงคือ Lenny amd64 ก็ต้องบอกเลยว่าเดี๋ยวนี้ Linux ติดตั้งง่ายมาก จริงๆแล้วรุ่นล่าสุด คือ Squeeze ซึ่งเปิดตัวเป็นทางการเมื่อ 6 ชม. (6 ก.พ. 2554) ที่ผ่านมานี้เอง ^_^’

การหาคำแรกในบรรทัด

ในหลายโปรแกรมจะมีการอ่านค่าพารามิเตอร์จาก text file โดยที่จะมีชื่อของพารามิเตอร์หรือตัวแปรอยู่ใน column แรกและค่าที่เราจะส่งผ่านเข้าในโปรแกรมจะอยู่ใน column ถัดไปโดยมี space ระหว่างตัวแปรและค่านี้ เช่น InitialParasites         2.3*10^10 MeanAge           10 โปรแกรมเหล่านี้จะอ่านค่า input จาก text file ทีละบรรทัดโดยจะมีการหาว่าตัวแปรที่โปรแกรมต้องการแต่ละตัวอยู่ในบรรทัดใด จากนั้นก็จะส่งผ่านค่าไปให้ตัวพารามิเตอร์ตัวนั้นในโปรแกรม นี่เป็นตัวอย่างภาษา C ที่ใช้ในการหาคำแรก (พารามิเตอร์) จากบรรทัดที่อ่านเข้ามา (source) ตัวอย่างนี้มีการใช้ isspace ซึ่งเป็น function ที่ใช้ในการหา white space หรือที่ว่างระหว่างคำ เช่น ‘ ‘ , ‘\t’, ‘\n’, ‘\v’, ‘\f’, ‘\r’  (ต้องมีการโหลด ctype.h หรือ cctype ก่อนครับ) //find the first word from […]

การทำงานของโปรแกรมสำหรับ Molecular dynamics simulation

ใครที่สนใจว่าโปรแกรมที่เราใช้ศึกษาด้าน molecular dynamics simulation เช่น AMBER, GROMACS, CHARMM หรือ NAMD ทำงานอย่างไร ผมขอแนะนำให้ลองศึกษาจาก source codes ของ  Mindy ครับ http://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/mindy มันเป็นเหมือนเวอร์ชั่นย่อๆ ของ NAMD ครับ ซึ่งมันทำงานหลักๆอย่างที่ NAMD ทำเลยครับ จะไม่มีก็ในส่วนของการคำนวณแบบขนาน

Have you ever thought about it?

“Have you ever thought about it? We want to be famous as a writer, as a poet, as a painter, as a politician, as a singer, or what you will. Why? Because we really don’t love what we are doing. If you loved to sing, or to paint, or to write poems—if you really loved […]

Back to top
%d bloggers like this: