การทำงานของโปรแกรมสำหรับ Molecular dynamics simulation

ใครที่สนใจว่าโปรแกรมที่เราใช้ศึกษาด้าน molecular dynamics simulation เช่น AMBER, GROMACS, CHARMM หรือ NAMD ทำงานอย่างไร ผมขอแนะนำให้ลองศึกษาจาก source codes ของ  Mindy ครับ http://www.ks.uiuc.edu/Development/MDTools/mindy มันเป็นเหมือนเวอร์ชั่นย่อๆ ของ NAMD ครับ ซึ่งมันทำงานหลักๆอย่างที่ NAMD ทำเลยครับ จะไม่มีก็ในส่วนของการคำนวณแบบขนาน

Have you ever thought about it?

“Have you ever thought about it? We want to be famous as a writer, as a poet, as a painter, as a politician, as a singer, or what you will. Why? Because we really don’t love what we are doing. If you loved to sing, or to paint, or to write poems—if you really loved it—you would not be concerned with whether you are famous or not. To want to be famous is tawdry, trivial, stupid, it has no meaning; but, because we don’t love what we are doing, we want to enrich ourselves with fame. Our present education is rotten because it teaches us to love success and not what we are doing. The result has become more important than the action.

You know, it is good to hide your brilliance under a bushel, to be anonymous, to love what you are doing and not to show off. It is good to be kind without a name. That does not make you famous, it does not cause your photograph to appear in the newspapers. Politicians do not come to your door. You are just a creative human being living anonymously, and in that there is richness and great beauty.”

J. Krishnamurti

การติดตั้ง package ของ R เพิ่ม

การติดตั้ง package ของ R เพิ่ม สำหรับบน Linux ครับ

1. ติดตั้งจาก source

source ที่พูดถึงก็เป็นพวกไฟล์ package ที่มีสกุล tar.gz ที่สามารถ download ได้จากเวบ http://www.r-project.org/ หรือ http://cran.r-project.org/mirrors.html  หลังจากที่ download มาแล้วเก็บไว้ที่ เช่น /home/MyAccount/Rlib ก็สามารถพิมพ์คำสั่งนี้ได้เลย

$ R CMD INSTALL ชื่อไฟล์.tar.gz -l /home/MyAccount/Rlib/

2. ติดตั้งจากเวบ CRAN โดยตรง

พิมพ์คำสั่งนี้ใน R console สำหรับติดตั้ง package ที่ต้องการไว้ที่ /home/MyAccount/Rlib

> install.packages(“ชื่อ package”, lib=”/home/MyAccount/Rlib/”)

หลังจากติดตั้งแล้วจะเรียกใช้ก็ให้พิมพ์ใน R console คำสั่ง นี้ครับ

library(“ชื่อ package”, lib.loc=”/home/MyAccount/Rlib/”)

ถ้าหากมีปัญหาว่าต้องโหลดผ่าน proxy ก็ให้ลอง export http_proxy=”http://proxy:port” ดูครับ

3. ติดตั้งจาก github

กรณีที่อยากติดตั้ง package ที่อยู่บน Github เราสามารถทำได้โดยใช้คำสั่ง install_github ของ devtools ครับ เช่น

library(devtools)

install_github(“package”)

หรือถ้าต้องการระบุ path ที่จะเก็บpackageนี้ด้วยก็ทำได้โดยใช้ with_libpaths เช่น

with_libpaths(new=”/home/MyAccount/Rlib”, install_github(“package”))

Thai Latex บน Fedora 14 LXDE Desktop

การติดตั้ง Thai Latex บน Fedora 14 LXDE Desktop

วิธีนี้ต้องมี gcc compiler ก่อนนะครับ ซึ่งติดตั้งได้เลยจากตัว Add/Remove Software

ก่อนอื่นต้องไป download ไฟล์พวกนี้ก่อนนะครับ

  1. ftp://linux.thai.net/pub/ThaiLinux/software/libthai/libdatrie-0.2.4.tar.gz
  2. ftp://linux.thai.net/pub/thailinux/software/thailatex/thailatex-0.4.4.tar.gz
  3. ftp://linux.thai.net/pub/thailinux/software/swath/swath-0.4.0.tar.gz

หลังจากนั้นก็แตกไฟล์พวกนี้ออกโดยที่อยู่folder ของใครของมัน

จากนั้นก็เริ่มติดตั้งโดยเริ่มที่ตัว libdatrie ก่อนครับ

ที่ terminal ก็เปลี่ยน folder ไปที่ folder ของ libdatrie จากนั้นก็พิมพ์

export PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/lib/pkgconfig

ตามด้วย

./configure

และ

make install

หลังจากนั้นก็ติดตั้ง swath โดยทำเช่นเดียวกันครับคือพิมพ์ ./configure แล้วตามด้วย make install

ต่อด้วย thailatex ครับทำเช่นเดียวกันกับ swath

เป็นอันว่าเสร็จแล้วครับ ผมใช้งานได้ไม่มีปัญหาครับ

ผมใช้ TexMakerX ในการแก้ไขไฟล์ Latex ครับ อาจต้องมีการปรับแต่งให้มันอ่านและบันทึกภาษาไทยโดยไปที่ Edit -> Setup Encoding… แล้วเลือก TIS-620 ครับ

การเซ็ต $PATH ใน Rocks Cluster

สำหรับคนที่เพิ่งจะใช้งาน Rocks Cluster ครับ หลังจากที่ทำการติดตั้งโปรแกรมใหม่ไว้ที่ /share/apps/yourapps (สมมุติว่าโปรแกรมเก็บไว้ใน folder ชื่อ yourapps) ซึ่งเครื่อง compute nodes ทุกเครื่องสามารถมองเห็นแล้ว ผมเชื่อว่าทุกคนก็ต้องการเซ็ต PATH ให้ผู้ใช้งานสามารถเรียกใช้ได้ทุกคน วิธีที่สะดวกและง่ายที่สุดก็คือ สร้างไฟล์ชื่ออะไรก็ได้ครับ เช่น xxx.sh ไว้ใน /share/apps ครับที่ในไฟล์นี้บรรจุบรรทัดนี้ไว้ครับ

export PATH=”/share/apps/yourapps/:$PATH”

หลังจากนั้นก็ทำงาน copy ไปไว้ใน /etc/profile.d/ ของ compute nodes ทุกเครื่องครับด้วยคำสั่ง

rocks run host “cp /share/apps/xxx.sh /etc/profile.d/”

หรือจะใช้วิธีของ 411 ก็ได้ครับ เพียงแก้ไขไฟล์ /var/411/Files.mk จากนั้นก็พิมพ์ “make” ครับไฟล์ xxx.sh ก็จะถูกcopyไปยังเครื่อง compute nodes ทั้งหมด

การรวมMS Excel sheets ไว้ในหน้าเดียวกันด้วย Mathematica

นักสถิติคนหนึ่งส่งไฟล์ข้อมูลที่เก็บใน Excel มาให้ เพราะต้องการให้รวมข้อมูลที่มีหลาย sheets โดยที่แต่ล่ะ sheet จะมี header เหมือนกันไว้ใน sheet เดียวกันเพื่อความสะดวกในการนำไปใช้ในโปรแกรมสถิติตัวอื่นเช่น STATA หรือ R วิธีที่ผมทำก็ง่ายมากเลยครับ ผมก็ให้ Mathematica อ่านข้อมูลเข้ามาทีล่ะ sheet ด้วยคำสั่ง Import เอามาต่อๆกันแล้วก็ Export มันออกมาเป็นไฟล์ใหม่ครับ ดูตัวอย่างด้านล่างครับ

(* เปลี่ยนFolderไปที่ไฟล์ข้อมูลเก็บอยู่ เช่นที่ d:/works*)
SetDirectory[“d:/works”];

(*อ่านข้อมูลทั้งหมดเข้ามาใน Mathematica พร้อมกับใช้ Flatten เพื่อเรียงข้อมูลใหม่*)
dat = Flatten[Import[“data.xlsx”, {“Data”}],1];

(* จากนั้นก็สร้างไฟล์ใหม่ขึ้นมา  *)
Export[“newdata.xlsx”, dat,”XLSX”]

การอ่านไฟล์ Excel (.XLS, .XLSX) ด้วยคำสั่ง Import นั้นสามารถที่จะระบุตำแหน่งใน sheet และหมายเลขหรือชื่อของ sheet ได้ครับ สะดวกมากๆ
ดูรายละเอียดเพิ่มเติมได้ที่  http://reference.wolfram.com/mathematica/ref/format/XLSX.html

ลองดูที่นี่เพิ่มเติมครับ ผมเขียนเป็นappง่ายไว้ใช้ออนไลน์ครับ

http://www.sakngoi.com/2018/06/13/รวมชีทไฟล์-xlsx-แบบง่ายๆ/

สลับคีบอร์ดภาษาไทย/อังกฤษใน Fedora 14 (LXDE)

เพิ่งจะติดตั้ง Fedora 14 spin สำหรับ LXDE เสร็จ การติดตั้งนั้นง่ายมาก เพียงตอบคำถามไม่กี่คำถามเอง  แต่พอเสร็จแล้วอยากจะใช้ภาษาไทยอาจจะต้องมีการเพิ่มเติมอะไรหน่อย ที่ง่ายที่สุดก็ เพียงสร้างไฟล์ ~ /.Xkbmap ขึ้นมาแล้วเพิ่มบรรทัดนี้ลงไป

-option grp:ctrl_shift_toggle,grp_led:scroll us,th

สำหรับการสลับภาษาไทยกับอังกฤษด้วยการใช้ปุม Ctrl + Shift

หลังจากนั้นก็ logout แล้ว login เข้ามาใหม่ 🙂

มันก็มีกันบ้าง

อันความรักนักคณิตจิตอาภัพ
ช่างยากยับอับโชคโรคจู๋จี๋
ได้แต่ทำดีเอ็กบายดีที(dx/dt)
ไม่มั่งมีเหมือนเขาต้องเศร้าใจ
จะพันผูกปลูกรักเป็นหลักแหล่ง
ก็แห้งแล้งโรยหล่นทนไม่ไหว
มีแต่คอมพ์ร่อนเร่แบกเป้ไป
เฝ้าอาลัยอารมณ์ระทมครวญ

….นักคณิตศาสตร์สักงอย

Fedora Spins

ในฐานะเป็นคนที่ชอบลองของแปลก(เพราะอยากเรียนรู้สิ่งใหม่ๆ)บนระบบ Linux   ผมบอกได้เลยว่าความคิดของ Fedora Spins เป็นอะไรที่ผมชอบมากอันหนึ่งครับ อยากได้ desktop environment แบบไหนเค้าก็เตรียมไว้ให้แล้ว ไม่ว่าจะเป็น KDE, GNOME, LXDE ฯลฯ พร้อมโปรแกรมที่เหมาะกับ environment นั้นๆ บางคนอาจจะมองว่า ก็ในเมื่อในแผ่นติดตั้งแบบปกติเค้าก็มีให้หมดอยู่แล้ว จะมาแบ่งทำไม อยากได้หรือไม่ชอบแบบไหนก็ไม่ต้องเลือกเวลาติดตั้งสิ อืมมม..มันก็จริงครับ แต่ผมชอบอะไรแบบเรียบง่าย อันไหนไม่จำเป็นก็ไม่อยากจะให้มันติดตั้ง แต่ถ้าใครเคยเห็นรายการ packages แล้วจะรู้ว่ามันเยอะมาก ซึ่งผมเองก็ยังไม่รู้เลยว่าอะไรจำเป็นหรือไม่จำเป็น

รายละเอียดเกี่ยวกับโครงการนี้ได้ที่นี่ครับ

http://spins.fedoraproject.org/

http://spins.fedoraproject.org/about

ปัจฉิมลิขิต  ผมสนับสนุนแนวคิดที่จะมีระบบปฏิบัติการแห่งชาติครับ

Mathematica 8.0

Mathematica 8.0 เพิ่งเปิดตัวมาได้ไม่นานนี้ มีคุณสมบัติใหม่เพิ่มเข้ามาพอสมควร โดยเฉพาะคุณสมบัติที่ผู้ใช้งานสามารถพิมพ์คำสั่งเป็นประโยคคำพูดแล้วตัวโปรแกรมจะแปลประโยคนั้นเป็นคำสั่งของ Mathematica โดยอัตโนมัตินั้น เป็นคุณสมบัติที่ผมคิดว่าเจ๋งมาก

วิดีโอแนะนำโปรแกรม  Mathematica Quick Tour

ในบ้านเราการใช้งาน Mathematica นี้อยู่ในวงจำกัดมาก เวปที่มีการพูดคุยเกี่ยวกับการใช้งานนี้แบบจริงจังก็มีเพียงของภาควิชาฟิสิกส์ มหาวิทยาลัยมหิดลเท่านั้น (http://mpec.sc.mahidol.ac.th/forums/index.php?board=16.0) ส่วนใครที่กำลังเริ่มต้นเรียนรู้ใช้งานสามารถอ่านคำแนะนำการใช้งานเบื้องต้นของท่านอ.พงศกร สายเพ็ชร์ได้ครับ