SakNgoi

Author: Bright

Makefile สำหรับใช้กับ แพ็คเกจที่ใช้ RcppArmadillo

พอดีว่าเขียนแพ็คเกจที่มีเรียกใช้งาน armadillo ใน Rcpp แล้วมีปัญหาเวลา compile ในเรื่องของ linking คำแนะนำที่เจอบ่อยๆก็คือให้สร้างไฟล์ Makefile หรือ Makefile.win ไว้ที่เดียวกันกับ src โดยที่ใน Makefile ก็มีการประกาศตัวแปรตามข้างล่างนี้เลยครับ CXX_STD = CXX11 PKG_CXXFLAGS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS) PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) หรือแต่ถ้าไม่อยากให้มีปัญหานี้ตั้งแต่แรกก็ให้ใช้ Rcpp แล้วก็สร้างแพ็คเกจจากตัวอย่างที่เขาทำไว้แล้วจากคำสั่ง RcppArmadillo.package.skeleton ครับ

Kung package แพ็คเกจกุ้ง

แพ็คเกจกุ้งเป็นแพ็คเกจภาษา R ที่ผมเขียนขึ้นมาสำหรับใช้สร้าง Shiny App สำหรับโค้ดของโมเดลที่สร้างจากสมการอนุพันธ์หรือ ODE ที่ใช้ตัว solver จากแพ็คเกจที่ชื่อ deSolve ครับ ไอเดียก็มีเพียงว่าจากสมการ ode ที่สร้างขึ้นมาด้วยถ้าตัวแปรในสมการมีการเปลี่ยนแปลงค่า ผลลัพท์ที่ออกมามันจะเปลี่ยนแปลงไปอย่างไร การเขียนใน R นั้เราก็อาจจะใช้คำสั่ง manipulate มาช่วยได้แต่มันก็ยังมีข้อจำกัดเรื่องจำนวนของตัวแปรที่สามารถเรียกมาใช้ได้ เพราะมันขึ้นอยู่กับขนาดหน้าจอของตัว plot ผมเลยคิดว่าถ้าใช้ shiny มันน่าจะดูดีกว่าและสามารถใส่ตัวแปรได้มากกว่า ขึ้นกับการออกแบบ ui แต่การเขียน shiny ก็ไม่ใช่ว่าจะง่ายสำหรับคนเริ่มเรียนรู้ R ผมเลยคิดว่าน่าจะเขียนแพ็คเกจที่สามารถช่วยเรื่องนี้ได้ แพ็คเกจที่เขียนก็พยายามทำให้มันใช้ง่ายมากที่สุดจาก code ที่มีอยู่แล้ว โดยผู้ใช้เพิ่มคำสั่งไม่มากก็สามารถที่จะสร้าง shiny application ได้แล้ว ตัวอย่างเช่น ถ้าผู้ใช้มี code อยู่แล้วตามนี้ ซึ่งมันจะคำนวณและ plot กราฟให้ตามค่าของตัวแปรพารามิเตอร์ที่กำหนดไว้ เช่น gamma = 0.14286 และ beta = 0.6 […]

เรื่อง plane geometry ใน Mathematica 12

Wolfram Mathematica 12 ที่เพิ่งจะเปิดตัวไปมีความสามารถเพิ่มขึ้นมาเยอะพอสมควรเลย และหนึ่งจากหลายความสามารถที่เพิ่มเข้ามานี้ที่ผมชอบมากก็คือความสามารถในเรื่องเรขาคณิตที่เรียกว่า Synthetic Geometry เจ้า Synthetic Geometry ก็เป็นสาขาที่ศึกษาเรขาคณิตที่หาข้อสรุปจากการใช้เรื่องสัจพจน์หรือข้อความคาดการณ์ต่างๆเป็นเครื่องมือหลักในการแก้ปัญหา ลองดูความหมายเพิ่มเติมที่ https://en.wikipedia.org/wiki/Synthetic_geometry  นะครับ ใน Mathematica 12 นี้เราสามารถที่จะสร้างไดอะแกรมของปัญหาได้จากคำสั่ง GeometricScene เช่น ถ้ามีสามเหลี่ยมที่มีมุมทั้งสามมุมอยู่ที่ จุด (0,0),(1,0),(0,1) หรือสามเหลี่ยมมุมฉากที่มีฐานและความสูงคือ 1 หน่วย เราก็สามารถสร้างได้แบบนี้ครับ จากคำสั่งด้านบน GeometricScene เราเพียงแต่บอกว่าเรามีจุดอะไรบ้าง ซึ่งในที่นี้ก็คือจุด a,b,c ที่อยู่ที่ {0,0},{1,0},{0,1} ตามลำดับ และก็บอกว่าให้สร้าง สามเหลี่ยมโดยใช้จุดที่กำหนดไว้ จากนั้นผมทดลองหาพื้นที่ของสามเหลี่ยมนี้ ซึ่งก็ผลลัพธ์ที่ได้ก็คือ 1/2 มาลองทำอะไรที่มันดูซับซ้อนขึ้นมาอีกหน่อยครับ  สมมุติว่าผมต้องการหาพื้นที่ของสามเหลี่ยมที่มีเหลี่ยมทั้งสามที่จุด k,l,n และมีวงกลมที่ผ่านจุดทั้งสามนี้ โดยผมกำหนดให้ว่าระยะระหว่างจุด k และ n  คือ 3 หน่วย และมีจุด m อีก หนึ่งจุดที่อยู่ด้านนอกวงกลม […]

ซูมกราฟใน Mathematica

กราฟที่ได้จากคำสั่ง Plot ใน Mathematica นี่จะ click ซูมเข้าไปดูในบริเวณที่สนใจไม่ได้ ต้องคอยมากำหนด Range ที่จะ plot เอาเองเพื่อดูบริเวณที่สนใจ แต่ล่าสุดก็มีคนเขียนเป็น Function สำหรับทำให้เราสามารถที่จะเลือกซูมดูบริเวณที่สนใจในกราฟได้ครับ ลองไปดูได้ที่ https://resources.wolframcloud.com/FunctionRepository/resources/DragZoomPlot ผมลองโหลดมาเล่นแล้วนี่สะดวกมากๆครับ

ตัวอย่างใช้งาน notebook ของ Mathematica

ผมเขียน code เพื่อสร้างกราฟเพื่อดูว่าผลลัพธ์จากโมเดลที่ผมสร้างขึ้นมานั้นมันเหมือนหรือต่างข้อมูลจริงจากคนไข้อย่างไร โดยเขียนให้มันสร้าง notebook ขึ้นมาพร้อมกับรัน code สำหรับสร้างกราฟเลย โดยที่ในแต่ล่ะ notebook จะมีข้อมูลของคนไข้ประมาณ 300 คน ตามตัวอย่างนี้ครับ ทีนี่ผมอยากจะ save กราฟที่สร้างขึ้นในแต่ล่ะ cell เป็น pdf จากไฟล์ notebook แต่ล่ะไฟล์ ซึ่งในแต่ล่ะ notebook จะมีประมาณ 5-10 cells ได้ ถ้าไปมัวเลือก save ในแต่ล่ะ cells คงต้องเสียเวลามาก เพราะมันมีหลายไฟล์ และผมก็มีหลายโมเดล วิธีที่ผมทำก็คือเขียน code มาเปิด notebook แต่ล่ะไฟล์แล้วก็ให้มันเลือกเซฟเฉพาะ กราฟของแต่ล่ะ cell ที่ต้องการโดย code ที่เขียนก็จะประมาณนี้ครับ โดยคำสั่งหลักที่ใช้ก็คือ NotebookOpen, SelectionMove และ NotebookRead ครับ NotebookOpen ก็เปิดไฟล์ notebook […]

คำแนะนำการใช้งาน Mathematica notebook

Notebooks จาก Mathematica นี่ปฏิวัติเรื่อง workflow ของงานด้านการคำนวณเลยที่เดียวครับ ไอเดียที่แสดงผลลัพธ์ต่อท้ายคำสั่ง สามารถที่เซฟและส่งต่อผลลัพธ์ในลักษณะเหมือนสมุดรายงานมีทั้งภาพ เสียง การเคลื่อนไหว แถมมีความสามารถเหมือน ms word กับ ms power point รวมกัน บวกกับสามารถที่จะ export เป็นได้หลายformat มาก และความสามารถอื่นๆอีกมากมาย ไม่แปลกใจที่ไอเดียจะถูกลอกไปในภาษาอื่นๆ โดยเฉพาะ R กับ Python แต่ความสามารถของ notebooks จากทั้งสองภาษายังห่างไกลจากของ Mathematica มาก Video ที่ผมแชร์มานี้ก็เป็นเพียงตัวอย่างการใช้งาน notebook ของ Mathematica ให้เกิดประสิทธิภาพสูงสุด แต่ก็ยังมีอีกหลายความสามารถที่ไม่ได้พูดถึงครับ

ปัญหา Path ของ Rtools

rtools มันจำเป็นสำหรับ r package ที่มี code จากภาษาอื่น อย่าง c/c++ หรือ fortran ในที่จะต้องมีการ compile ระหว่างการติดตั้ง โดยปกติแล้วมัน จะถูกลงไว้ที่ PATH=”C:\Rtools\bin;${PATH}” ถ้าลงไว้ที่อื่นและต้องการเรียกใช้ใน R ตัวแปรชื่อ BINPREF จะเป็นตัวแปรที่ R จะเรียกหา path ของ rtools ฉะนั้นถ้าจะเรียกใช้ rtools ที่ลงไว้ที่อื่นก็ต้องเซ็ต path ให้กับตัวแปรนี้ เช่น BINPREF=”X:/R/Rtools-3.5/mingw_$(WIN)/bin/” ** สังเกตว่า BINPREF ใช้ forward slash นะครับ

OpenCLFunctionLoad

กำลังทำโปรเจคที่ใช้ OpenCL ใน Mathematica มันก็เร็วใช้ได้เลย แต่อาจจะงงๆกับ types https://reference.wolfram.com/language/OpenCLLink/ref/OpenCLFunctionLoad.html

Back to top
%d bloggers like this: