มาลองทำ Molecular Dynamics Simulation ของโปรตีนกันครับ 7

จากครั้งที่แล้ว

หลังจากที่เรารันระบบของเราเสร็จหมดแล้ว ก็จะถึงการวิเคราะห์ระบบเพื่อตอบคำถามที่เราสนใจครับ

ผมเริ่มจากการดูว่าโดยรวมแล้วโครงสร้างของ HIV RT (ที่มีสาย DNAอยู่ด้วย ระบบ 1-8) ในแต่ระบบมีการเปลี่ยนหรือสั่นมากน้อยเท่าใดระหว่างที่รัน MD เมื่อเปรียบเทียบกับโครงสร้างจาก PDB ซึ่งจากกราฟด้านล่างนี้ก็เห็นได้ว่าโครงสร้างในทุกระบบค่อนข้างเสถียร RMSD ประมาณ 3 อังสตรอม

เมื่อดูที่ RMSD ของสาย DNA:DNA ในทุกระบบจะเห็นว่าระบบที่เป็นสถานการณ์ก่อนที่นิวครีโอไทด์หรือยาจะจับตัวกับสาย DNA นั้นจะมีการสั่นมากกว่าระบบที่ยาหรือนิวครีโอไทด์เข้าจับแล้ว

อืม.. ถ้าเราลองแบ่งสาย DNA เป็นช่วงๆล่ะ RMSD ของแต่ล่ะช่วงในแต่ละระบบจะเป็นอย่างไร 🙂   ดูรูปด้านล่างนี้ครับ ว่าผมแบ่งอย่างไร

ส่วนอันนี้ก็เป็น RMSD ในแต่ล่ะช่วงของแต่ละระบบครับ

 

เดี๋ยวมาต่อ