ต่อจากตอนที่แล้ว (http://www.sakngoi.com/?p=189)ครับ
Molecular dynamics (MD) ก็เป็นเทคนิคที่ฮิตฮอตสำคัญอันหนึ่งที่นักวิทยาศาสตร์ใช้ในการศึกษาเกี่ยวกับการเคลื่อนไหวหรือสั่นไหวของโมเลกุลต่างๆ โดยเค้าจะมองว่าพันธะที่คอยเชื่อมต่ออะตอมเข้าด้วยกันเป็นโมเลกุลนี้เป็นเหมือนสปริงที่เชื่อมลูกบอลเข้าไว้ด้วยกัน ซึ่งพลังงานศักย์ทั้งหมดของระบบก็จะมาจากผลรวมทั้งหมดของ interaction ระหว่างลูกบอลที่เชื่อมกันผ่านสปริง(bond) และระหว่างสปริงด้วยกัน(non-bonded) ถ้าใครที่เรียนมาก็คงจะจำได้ว่าแรงของปริงนี้เป็นแรงอนุรักษ์ซึ่งเราจะเขียนได้ว่าแรงทั้งหมดที่กระทำกับลูกบอล(อะตอม) นี้เขียนได้ว่า
โดย ก็คือพลังงานศักย์ ซึ่งเราเราสามารถเขียนได้ว่า
โดยเทอมที่ไม่เป็นพันธะสามารถเขียนได้ว่าเป็นผลรวมศักย์จากแรงวันเดอร์วาลส์กับแรงจากประจุไฟฟ้า
โดย
และ
ส่วนพลังงานศักย์ของแรงจากพันธะก็สามารถเขียนได้ว่าเป็นรวมจากรูปแบบของพันธะที่เป็นไปได้ทั้งหมด (ดูรูป เดี๋ยวมาใส่ให้ครับ)
หรือ
สมการที่เขียนมานี่ก็เป็นเพียงตัวอย่างเท่านั้นครับซึ่งมันจะแตกต่างกันไป ขึ้นกับว่าเราเป็นสาวกของสำนักไหน 🙂 แต่ล่ะสำนักก็จะมีรูปแบบของฟังก์ชั่นและค่า constants ต่างๆที่ใช้แตกต่างกัน (เราเรียก พวกฟังก์ชั่นนี้ว่า force field)
force field ที่เป็นที่นิยมกันก็ได้แก่
AMBER (Assisted Model Building with Energy Refinement, http://ambermd.org/)
OPLS, OPLS-AA (Optimized Potentials for Liquid Simulations,http://zarbi.chem.yale.edu/)
CHARMM (Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanic, http://mackerell.umaryland.edu/MacKerell_Lab.html)
GROMOS (GROningen Molecular Simulation, http://www.gromos.net/)
โดยปกติเค้าจะไม่เอาแต่ล่ะ force field มาใช้ปนกันครับ
มาต่อที่เรื่องของสมการนิวตันที่เราได้ครับ ซึ่งเป็นสมการที่แสดงความสัมพันธ์ของพลังงานศักย์กับระยะทางหรือตำแหน่งของอะตอมที่เราสนใจ เราสามารถแก้สมการนี้โดยอาศัยวิธีที่เรียกว่า Verlet หรือ Leap-fr0g ใครที่เรียนเรื่อง numerical analysis มาคงเข้าใจนะครับ เพราะมันก็เป็นวิธีการอินทีเกรตทำธรรมดา แตกกันก็เพียงว่าจะเอากี่เทอม เริ่มที่ตรงไหนก่อนเท่านั้นเอง
ใครที่สนใจเรื่องการเขียนโปรแกรมเกี่ยวกับ MD นี้ลองดูที่นี่ครับ http://www.sakngoi.com/?p=64
2 thoughts on “มาลองทำ Molecular Dynamics Simulation ของโปรตีนกันครับ 2”
Comments are closed.